一、連線方式不同

1、無線滑鼠：使用無線纜直接連線到主機，採用無線技術與計算機通訊，從而省卻電線的束縛。

2、藍芽滑鼠：使用藍芽連線到主機，是一種可實現多種裝置之間無線連線的協議，是一種簡便穩定的無線連線手段。

二、頻率不同

1、無線滑鼠：使用了頻率為27.095Mhz（頻道1）和27.195Mhz（頻道2）的頻段。

2、藍芽滑鼠：由2.4-2.485GHz ISM（工業、科學、醫學）頻段增加特定協議而來，因此能夠使任何藍芽裝置在一定範圍內互相配對並連線、傳輸資料。

三、優劣不同

1、無線滑鼠：技術成熟、成本低和受干擾風險較低的優勢，但27Mhz頻段的劣勢也是比較明顯的。

2、藍芽滑鼠：不但使減低了甚至杜絕了無線裝置互相干擾的現象，甚至使藍芽裝置適應性更廣，成本更低廉。此外，藍芽技術傳輸速率最高為每秒1Mbps，雖然和2.4Ghz非聯網解決方案的2Mbps還有一定差距，但還是要高於27MHz無線技術。