三根本」是指「上師、本尊、空行」。「根本」是指我們的心和他們要永遠相依相存的意思。關於「上師」的意思與內涵，上文已有解釋。「本尊」指的是究竟涅盤的佛，也是成就的根本。在我們修行時，選擇一尊，或選擇幾尊，以這尊佛的法做為永遠不間斷的修行法門，而每天必須想到、必須修的那尊佛，就是自己的本尊。「空行」是密法裡面的稱呼，是指修行有成就的所有男、女相菩薩。有人把「空行」解釋為一定是女的，「勇者」一定是男的，這是翻譯上的錯誤。其實藏文裡面就有「巴沃」、「康卓」、「巴莫」、「康卓瑪」的名稱，可以譯為空行父、空行母；勇父、勇母。這些菩薩是在修行過程中，隨時隨刻保護我們的伴侶。例如修行的智慧不夠時，要依賴的文殊菩薩；或是遭逢困厄時救苦救難的觀音菩薩。雖然我們看不見，但是他們時時刻刻在幫助我們，讓我們的善心、信心越來越增長，虔誠不退轉。簡單地說，「上師」是從舍取究竟的佛的本質中所顯現，是一切加持的根本；「本尊」是從法身寂靜的本性中所顯現，是成就的根本；「空行」是從無生的法性虛空中所顯現，是消除障礙的根本。因為他們是我們要依以成就的根本，所以稱為三根本。