抗甲狀腺過氧化物酶抗體是主要的甲狀腺組織自身抗體，是甲狀腺激素合成過程的關鍵酶，與自身免疫性甲狀腺疾病的發生、發展密切相關，已成為診斷甲狀腺自身免疫性疾病的首選指標。

若僅僅是抗甲狀腺過氧化物酶抗體偏高不一定是橋本氏病，這一點容易造成誤診，毒性瀰漫性甲狀腺腫（甲亢）也會出現抗甲狀腺過氧化物酶抗體偏高的現象，一般來講自身免疫性疾病都會出現抗甲狀腺過氧化物酶抗體偏高，因此不能依靠抗甲狀腺過氧化物酶抗體偏高就直接判斷是橋本氏甲狀腺炎。

抗甲狀腺過氧化物酶抗體是甲狀腺炎引起的自身抗體，與甲狀腺球蛋白抗體（TgAb）共同看作自身免疫性甲狀腺病的重要標誌性抗體，若二者同時升高，可以考慮是橋本甲狀腺炎即慢性淋巴細胞性甲狀腺炎。

抗甲狀腺過氧化物酶抗體偏高在一定程度上說明甲狀腺受到甲狀腺免疫的損傷，一般出現這種情況就要懷疑是自身免疫性疾病，可能是甲亢Graves病、橋本氏病、粘液性水腫甲減，此時需要結合甲功檢查的其他指標共同診斷，以免造成誤診及漏診的情況。