《第二次超級機器人大戰Z：再世篇》是超級機器人大戰大戰20週年的紀念作品之一，同時也是機戰Z系列的最新一部。本作承接著前作《第二次超級機器人大戰Z：破界篇》的內容，將會給第2次Z畫上一個休止符。《第二次超級機器人大戰Z：再世篇》中將會有6部機器人題材作品全新登場，使得本作的參戰作品總數突破了前作《破界篇》，並創造了機戰系列參戰作品數量之最。此外，如果繼承前作《破界篇》的存檔資料的話，在遊戲開始時還能得到相應的獎勵。

這是破界事變（前作）一年之後，地球聯邦誕生以來也經過了一個月。

　　敢達和黑騎士團等等反聯邦勢力在聯邦壓倒性軍事實力面前相繼敗北，世界維持了表面的和平。另外由於神秘的時空震動封鎖了黑暗大陸，再除去暫時被放下的區域性地區糾紛問題，人們終於享受著到了久違的和平。但在這片和平之下某些人潛伏了他們的意圖，人們並沒有被意識到悲劇還會重複。

　　其中，因為次元獸的受害者再次增加，在新帝國インペリウム被消滅後失控的次元獸再次成為和以前一樣的災害。由於次元獸災害日益嚴重，人們開始僱傭民營企業的次元獸獵人進行抵禦。而現在，因為某個次元獸獵人的出現，戰鬥的帷幕又被重新拉開。