方舟子是極具科學精神人群的佼佼者，他學識之廣博，見識之不凡，是常人所不及的。

方舟子有一個極其突出的特點，與眾不同的個性——他對事情的真相有潔癖，在探尋真相的過程中，他能排除一切干擾，抵制一切誘惑，甚至六親不認，從來不講人情顧及面子，這使他得罪了很多人。

方舟子的科普工作是非常嚴謹的，幾乎無可挑剔。

方舟子的打假就引發太多爭議，他在學術打假上命中率極高，幾乎沒有失手過，但在非學術打假上，往往因事情本身無法證偽無法證明，所以常常不了了之。這使得引發的爭議最後也無法定論。

方舟子還經常打一些無關緊要的假，這主要是因為方舟子的心胸狹窄，睚眥必報，這種打假物件都是曾經和方舟子有過激烈衝突的個人和媒體，如科學公園、知識分子、南方週末、羅永浩、崔永元、甚至是饒毅。他會因為“最重要的數學家之一”髮長文叫陣饒毅，可見方舟子的較真程度超出我們的想象力。

方舟子對某些事物的觀點不一定是正確的，但是他的觀點和主流科學觀點是一致的，正確的可能性要遠大於其他非主流觀點，就是說要靠譜的多。