隔離防混雜南瓜是異花授粉作物，留種田附近最少需隔2公里以外，才能種其他北瓜品種。否則不同品種之間容易自然串粉雜交，使留種混雜不純。

人工輔助授粉南瓜在開花期，遇上陰雨天氣，不利於異花授粉，要進行人工輔助授粉，才能提高留種產量。

在旺盛結果期留種南瓜留種應結合採果上市同步進行。當南瓜初收2～3次後，開始進入旺盛結果期，便可進行留種。

選好種株應選擇生長健壯，無病蟲害，結果多，瓜形端正，具有本品種特徵的植株作留種株。

挑選種瓜要選擇靠近基部的2～3個果作種瓜。將其餘的幼嫩果實及早摘除，集中養分長種瓜。

適時採收當種瓜已充分成熟尚未轉黃時便應採收，用刀剖開瓜蒂部深約5～7釐米，取出內部種子，果實仍可上市出售。此時瓜瓤已轉鮮紅色，即為成熟象徵。

洗種與貯藏南瓜的種子取出後，應隨即用清水洗去種瓤，把種子攤開陰乾後，裝入疏布袋，放在通風乾爽處貯存。也可把種子用玻璃盅盛裝，先在玻璃盅裡放入新鮮穀殼灰厚約3～5釐米，再放入種子，上面再用穀殼灰覆蓋。然後放在陰涼通風處貯存。