主要區別是，性質不同、目的作用不同、特點不同，具體如下：

一、性質不同

1、重灌系統

重灌系統是指對計算機的作業系統進行重新的安裝。當用戶錯誤操作或遭受病毒、木馬程式的破壞，系統中的重要檔案就會受損導致錯誤，甚至崩潰無法啟動，因此不得不重新安裝。

2、恢復出廠設定

恢復出廠設定，是指出廠設定恢復到出廠時的預設狀態，如開始介面，待機方式，操作快捷鍵，定時提醒等功能恢復。

二、目的作用不同

1、重灌系統

①、被動式重灌：由於種種原因，例如使用者誤操作或病毒、木馬程式的破壞，系統中的重要檔案受損導致錯誤甚至崩潰無法啟動，需要重灌系統。

②、主動式重灌：定期重灌系統，目的是對臃腫不堪的系統進行減肥，同時可以讓系統在最優狀態下工作。

2、恢復出廠設定

恢復原設定。

三、特點不同

1、重灌系統

①、全新安裝：在原有的作業系統之外再安裝一個作業系統，也就是通常所說的多作業系統並存。該方式的優點是安全性較高，原有的系統不會受到傷害。但如果將新系統和原系統安裝在同一個盤，則會使原系統被覆蓋而消失。

②、 升級安裝：對原有作業系統進行升級，該方式的好處是原有程式、資料、設定都不會發生什麼變化，硬體相容性方面的問題也比較少，缺點是升級容易恢復難。