1、病毒病。苦瓜被薊馬、蚜蟲、飛蝨等刺吸式攜帶病毒的害蟲吸食後容易感染病毒病，病毒病種類很多，有些是多種蔬菜可以感染同一種病毒，而且病毒可以透過農事操作的枝葉摩擦傳染。感染病毒病後苦瓜植株可能枯死。所以要防止這些蟲類，主要使用啶蟲脒類藥劑加上抗毒劑香菇多糖或是寡糖·鏈蛋白再加上蕓薹素內酯，一般一週用藥一次。

2、線蟲病。線蟲危害多種蔬菜，主要危害苦瓜根系，具有口針，可以刺穿苦瓜根，然後讓自己唾液進入根系，導致根系生瘤狀物，生長不正常。根系瘤狀物先是白色後是黑色，最後喪失吸收能力。沒有營養水分吸收進去就會死苗。使用盈輝殺線劑或是淡紫擬青黴菌，也可以用阿維菌素與溴甲烷土壤消毒。

3、土傳病害。主要的土傳病害危害苦瓜造成死苗，常見的有根腐病、枯萎病、疫黴病，枯萎病全期發生，結果期受害最重，幼苗容易死亡。莖腐爛、維管束受損，會死苗。疫黴病根腐爛，皮和木質部分離，水浸狀，最終死苗。根腐病受害根系腐爛，留下維管束，上部枯死。噴灑多菌靈風滅菌劑防治根腐病；灌淋50%苯菌靈可溼性粉劑1500倍液防治枯萎病；用72%克露可溼性粉劑500~800倍溶液防治疫黴病。

4、管理不當。有時土壤板結或是黏重，比較嚴重的話根系無法呼吸生長，有可能缺氧窒息腐爛掉，那麼苗也會死。有時施肥不足，營養不良導致黃花死苗。施肥濃度太高，離根太近就會死苗。可以中耕，施肥保持距離，融水使用，降低濃度。