現代植物分類是按照植物形態的異同、習性的差別以及親緣關係的遠近系統排列的。因此，一般說來，在植物分類系統中位置愈接近的植物，它們的親緣關係就愈接近。植物分類系統與化學成分的關係，實際上是指植物親緣關係與化學成分的關係。

親緣關係相近的植物種類由於有相近的遺傳關係，往往具有相似的生理生化特徵。親緣關係愈近，共同性愈多；親緣關係愈遠，共同性愈少。如異喹啉類生物鹼主要分佈於多心皮類及其近緣類植物的一些科中，如木蘭科、睡蓮科、馬兜鈴科、防已科、毛莨科、小檗科、罌慄科、芸香科等。這些科中的生物鹼的化學結構也顯示相互之間有緊密的親緣關係，與產生它們的植物科之間的親緣關係一致。吲哚類生物鹼中最大的一族為雞蛋花烴（Plumerane）型吲哚生物鹼，這族生物鹼僅存在於夾竹桃科中的雞蛋花亞科植物中。同屬植物的親緣關係很相近，醫學教|育網|收集整理因而往往含有近似的化學成分。如小檗屬（Berberis）植物含小檗鹼，大黃屬（Rheum）植物含羥基蒽醌衍生物等等。植物種類繁多，形態、結構、生活習性等豐富多樣。為了更好地認識、利用和保護植物，就必須對它們進行分門別類。為此，我們就要具備植物分類的基本知識。人類要利用植物，首先要識別植物，這就要分類。從人們對植物的辨別和分類到發展成為一門學科，經過了漫長的歷史。