變種人的故事依然在延續。此前，成功越獄的反派“萬磁王”依然跟X戰警作對。而且，在新故事當中，他再不是獨來獨往，更有了一班邪惡幫手和他共同將邪惡進行到底。

而另一個重要角色琴·格雷博士出人意料地在上一部犧牲之後又再次復活了。並且變成了最可怕的“黑鳳凰”，琴·格雷不但墮入黑暗，而且還擁有了極具破壞性的超能力，對整個地球和全人類都構成了巨大的威脅。同時，正義的X戰警方面也相繼增加了不少新成員。

力大無窮且身手敏捷的“野獸”和背後生出雙翼能自由飛翔的“天使”。另外，在前兩部中活躍的主要角色們都將全員上陣，其中睿智的X教授、實力極強的金剛狼以及操控天氣的暴風女等依然佔有主要的地位。經過幾番周折和驚心動魄的戰爭之後，最終還是將琴·格雷博士也就是“鳳凰女”從黑暗的世界中拯救出來，重回正義的一方。

但是，面對大反派“萬磁王”的陰謀和“黑鳳凰”可怕的超級力量，新老X戰警們還是吃盡了不少的苦頭。變種人之間的一場惡戰在所難免。尤其是堪稱變種人大哥的金剛狼的出手更是吸引人的眼球。他的絕招鐵爪神功，既有美式動作的剛猛狠辣，又有東方功夫的靈活多變。

在戰鬥中，他與“萬磁王”一方的新人“黑鳳凰”正面單挑，這一戰堪稱這場變種人戰鬥中的精彩一役。“黑鳳凰”堪稱力大無窮，隨意的一拳就能讓一般的變種人骨斷筋折，爆發起來更是地動山搖，連一向霸道的萬磁鐵王，也懼他三分。而且，在這場變種人的激烈大戰中，作為美國為數不多的幾個標誌性建築，金門大橋此次也未能倖免。