微生物菌肥和複合微生物肥一般都是由有益菌和一些有機質以及其它物質組成，水溶性差，我們在施用的時候一般是以根施為主，大部分菌劑的主要成分就是有益菌以及一些水溶性好的其它成分組成，水溶性比較好，可以用做根施、拌種、噴施等等。

菌肥施用的要求

微生物菌肥中起主要作用的就是裡面的有益菌，保持有益菌的活性是確保使用效果的保障，所以，我們對於菌肥的施用一定要注意施用環境。主要有以下幾點：

1、溫度

菌肥中的有益菌對於溫度是有一定要求的，過高過低都不利於有益菌的生長繁殖，如果溫度過高或者過低還有可能導致有益菌的死亡。在15~25度的時候這些有益菌最活躍，低於10度的時候基本處於休眠狀態，所以，我們無論是那種肥方法，都要儘量選在溫度適宜的時候進行，夏季中午高溫炎熱和冬季寒冷的時候都不適合施用菌肥。

2、溼度和其它要求

菌肥中的有益菌的生長，也需要一定的水分，過於乾旱或者潮溼的環境都不利於它們的生長。如果是根施，最好再配合有機肥一起施用，能夠給有益菌提供足夠的養分，有利於它們的快速繁殖。

菌肥的施用週期

菌肥在施用以後，在適宜的條件下，有益菌會大量的繁殖，但並不是說數量會一直增多，因為環境不可能一直保持在適宜它們生長的狀態，例如冬天的低溫，農藥的使用等等環境的變化都會導致有益菌數量的減少，所以我們在菌肥的施用上就不可能一勞永逸。