赤潮，被喻為“紅色幽靈”，是一種異常的生態現象，發生的原因也比較複雜。關於赤潮發生的機理，雖然至今尚無定論，但是赤潮發生的首要條件是赤潮生物增殖要達到一定的密度。否則，儘管其他因素都適宜，也不會發生赤潮。

在正常的理化環境條件下，赤潮生物在浮游生物中所佔的比重並不大。但是由於特殊的環境條件，使某些赤潮生物過量繁殖，便形成赤潮。

水文氣象和海水理化因素的變化是赤潮發生的重要原因。海水的溫度是赤潮發生的重要環境因素，20攝氏度至30攝氏度是赤潮發生的適宜溫度。

科學家發現一週內水溫突然升高2攝氏度以上，是赤潮發生的先兆。另外，海水的化學因子如鹽度變化也是促使生物因子赤潮生物大量繁殖的原因之一。

鹽度在26至37的範圍內，均有發生赤潮的可能。但是當海水鹽度在15至21.6時，容易形成溫躍層和鹽躍層。溫躍層、鹽躍層的存在為赤潮生物的聚集提供了條件，易誘發赤潮。

由於徑流、湧升流、水團或海流的交匯作用，使海底層營養鹽上升到水上層，造成沿海水域高度富營養化。營養鹽類含量急劇上升，引起矽藻的大量繁殖。這些矽藻過盛，特別是骨條矽藻的密集常常引起赤潮。

赤潮發生主要有兩個原因：一是由於人類經濟與生活發展，引起河流及人工排汙量增加，使許多海域中的營養物質大量過剩；二是大量人工養殖池廢水排放，引起區域性區域自身汙染嚴重。