據傳是秦始皇開鑿的，當時秦始皇東巡，手下的江湖術士稟告說東南方向有龍脈的存在，日後若龍氣成形將會有新的帝王產生，會威脅到大秦的統治，因此秦始皇下令開鑿秦淮河，挖斷龍脈，並且埋金於龍脈之中，所以南京城也有金陵之稱。

秦始皇一統天下之後，希望自己能長生不老，也希望大秦的統治能夠千秋萬世，於各地術士紛紛來投，徐福成為了秦始皇的首席煉丹師，幫助秦始皇尋找長生不老藥，其他精通玄學的人則幫助秦始皇斬龍脈。

斬龍脈之事看起來子虛烏有，但是後來的陳勝、吳廣、項羽、劉邦都是這個地方的人，術士所說的有龍氣誕生看來也有一定的道理，秦始皇最大的功績就是完成了天下的統一，結束了自春秋以來割據的局面，但秦嚴刑峻法，勞役沉重，最終二世而亡。

儘管有傳言是秦始皇下令開鑿的，但結合史實發現這卻不可能，秦淮河長一百多公多里，如果光靠人工來挖掘是不太現實的，而且當時秦國正在北方大舉修建長城，是沒有那麼多民夫來使用的。

楊廣開鑿大運河就動搖了大隋的統治，而且此時大隋經過開皇之治後國力大增，而秦國尚且不能與隋相比較，這個國力是不允許同時修建兩個浩大工程的，而且河流大多隨地勢而發生變化，人為頂多順勢而為，稍許修改。或許以前秦淮河是沿而過，秦始皇為了段龍脈，故意將河流改道，穿城而過的可能性比較高。