國家設立綜合配套改革試驗區的目的，是為了探索建設和諧社會、創新區域發展模式、提升區域乃至國家競爭力的新思維、新思想、新路徑、新模式和新道路，透過選擇一批有特點和有代表性的區域進行綜合配套改革，以期為全國的經濟體制改革、政治體制改革、文化體制改革和社會各方面的改革提供新的經驗和思路。這是中國社會主義市場經濟發展到特定歷史階段，應對特殊的經濟發展環境做出的現實選擇，它的提出必將對未來改革和區域經濟的發展產生深遠的影響。

綜合配套改革試驗區設立的核心在於“綜合配套”，其宗旨是要改變多年形成的單純強調經濟增長的發展觀，要從經濟發展、社會發展、城鄉關係、土地開發和環境保護等多個領域推進改革，形成相互配套的管理體制和執行機制。

國家選擇一些符合條件的地區開展綜合配套改革試點，一方面可以以試點地區為載體，把改革和發展有機結合起來，把解決本地實際問題與攻克共性難題結合起來，實現重點突破與整體創新，率先建立起完善的社會主義市場經濟體制，為全國其他地區的綜合改革起示範作用。另一方面，可以把改革風險和試錯成本控制在一定區域之內，平穩有序推進改革程序。