鹹水湖的形成原因主要有兩種，一種是古代海洋的遺蹟；另一種是內陸河流的終點，由於這些湖泊都處於內陸地區，蒸發量比較大，所以河流帶來的礦物質就被濃縮了，所以變成了鹹水湖。

大多數湖泊的水，都是河水注入的。

江河在流動的過程中，河水把所經過地區的岩石和土壤裡的一些鹽分溶解了；另外沿途流入河流裡的地下水也帶給它一些鹽分，當江河流經湖泊時，又會把鹽分帶給湖泊。

如果湖水又從另外的出口繼續流出，鹽分也跟著流出去了，在這種水流非常暢通的湖中，鹽分是很難集中的。

以中國最大的鄱陽湖、洞庭湖為例，江西和湖南的許多大河都流到這裡，透過這兩個大湖，最後湖水又都流入長江。因此鄱陽湖、洞庭湖等大湖都是淡水湖。

如果有些湖泊排水不方便，而且因氣候乾燥，蒸發消耗了很多水分，含鹽量便愈來愈高，湖水就會愈來愈鹹，成為鹹水湖。

在大草原和荒漠地帶，由於降水少，蒸發又強，地勢平坦，排水不暢，往往鹹水湖分佈較多，如中國青海省柴達木盆地中的察爾汗鹽池、茶卡鹽池都是世界上著名的鹽湖。

還有人認為，鹹水湖在地質年代裡，原是海的一部分，海水退了以後，在低窪地方有一部分海水遺留下來，成為如今的湖，因此湖裡的水保留了很多的鹽分。

還有人說，鹹水湖是由於結晶岩石經過風化，所含鹽分被釋放出來，或者地下水把古代沉積的鹽溶解之後帶入湖裡等原因造成的。

還有一種湖泊，如巴爾喀什湖，它的西半部是淡水，東半部是鹹水。這是因為，巴爾喀什湖形狀狹長，中間又有向北突出的半島，阻礙著東西湖水的暢通交流。所以東部的湖水能夠保持著鹹味，不因西湖水淡而變淡。