清洗菩提子串珠的工具很簡單，只需要幾塊乾淨柔軟的毛巾、一兩把尺寸大小不同的小刷子、數根粗細不同的鋼針、一個小洗手盆和一壺熱水就可以了。

清理之前，先要對菩提子串珠進行一個大致地打量，想一想到底要做哪些清潔工作，把步驟想好，有一個大體的構思，免得到時候手忙腳亂不知道如何安排。忙亂不僅會影響清潔效果，而且一旦不慎還有可能會損傷菩提子串珠，這就得不償失了。

清潔時，通常都是首先從珠體表面下手，但千萬不能直接將菩提子串珠放置水中，這會使得串珠褪色、開裂而且也會嚴重影響後面盤玩的效果。建議在洗手盆裡倒滿溫水，然後將事前準備好的毛巾置入水中，浸溼後再全部取出擰乾，千萬不要帶水汽，之後再利用毛巾的溫度和表面的摩擦力來清理菩提子串珠表面的汙垢。串珠被毛巾擦拭後，還可以用幹紙巾再進行一次擦拭，這樣就更加保險一些。

有時，串珠汙染比較重，單純用毛巾乾擦已經解決不了問題了，這時候就可以用事先準備好的小刷子，家裡如果有橄欖油或者嬰兒油就可以拿來做塗抹的清潔劑，有條件的朋友還可以選擇甘油或是矽油這樣更專業的試劑，當然效果差別也並不太大，不過白醋和酒精是絕對不可以拿來用的。

在擦拭的時候，先用小刷子蘸取少量的精油，然後再以同向順序在串珠表面擦拭，手指輕輕撥動串珠，保證串珠表面全部都能打掃乾淨。動作應該柔和，輕鬆自在的感覺就像用雞毛撣子掃花瓶一樣。比較適宜上油的串珠當數金剛菩提子串珠和天意菩提子串珠，用軟毛刷配合少量的成品油淡淡地刷上一層，不僅能夠清理汙垢，還能夠起到盤玩的效果。

　　但是刷完後，不能夠立刻佩戴在身上，這樣做可能將珠體盤花。最好刷完油後，放在通風乾淨的地方，使其自然陰乾。