根莖

矮慈姑是一年生，稀多年生沼生或沉水草本。有時具短根狀莖；匍匐莖短細，根狀，末端的芽幾乎不膨大，通常當年萌發形成新株，稀有越冬者。

葉

矮慈姑的葉條形，稀披針形，長2-30釐米，寬0.2-1釐米，光滑，先端漸尖，或稍鈍，基部鞘狀，通常具橫脈。

花

矮慈姑的花葶高5-35釐米，直立，通常挺水。花序總狀，長2-10釐米，具花2 (-3) 輪；苞片長2-3毫米，寬約2毫米，橢圓形，膜質：花單性，外輪花被片綠色，倒卵形，長5-7毫米，寬3-5毫米，具條紋，宿存，內輪花被片白色，長1-1.5釐米，寬1-1.6釐米，圓形或扁圓形；雌花1朵，單生，或與兩朵雄花組成1輪，心皮多數，兩側壓扁，密整合球狀，花柱從腹側伸出，向上；雄花具梗，雄蕊多,花絲長短、寬窄隨花期不同而異，通常長1-2毫米，寬0.5-1毫米，花葯長橢圓形，長約1-1.5毫米。

果

矮慈姑的瘦果兩側壓扁，具翅，近倒卵形，長3-5毫米，寬2.5-3.5毫米，背翅具雞冠狀齒裂；果喙自腹側伸出，長1-1.5毫米。

矮慈姑的花果期5-11月。2n=22。