首先你需要有一張可以驅動光碟機的啟動軟盤和Windows安裝光碟，以及電腦所有的硬體驅動程式的安裝檔案。啟動軟盤如果沒有，可以到已經安裝好Win98第二版的電腦上製作一張，方法是在控制面板中雙擊新增/刪除程式圖示，在其中的啟動盤標籤裡點選建立啟動盤按鈕，在這個過程中可能需要提供Win98安裝光碟。用這張啟動軟盤啟動電腦之後，先執行FDISK命令進行分割槽操作，這個命令會先給出一屏提示，如果選擇yes就是以FAT32格式進行硬碟分割槽，如果選no就是以FAT16格式進行硬碟分割槽，接下來會看到四個選項，它們的作用如下：

你只需要使用第一項來建立分割槽就夠了，分割槽的設定和每個分割槽的容量大小都可以根據你的需要自行定製，分割槽結束之後，退出FDISK的時候會提示你重新啟動電腦。還用先前的啟動軟盤啟動電腦，用format[碟符]命令把各個分割槽都格式化一遍，現在就可以安裝作業系統了。安裝作業系統的方法比較簡單，只要進入光碟機碟符執行Setup命令，剩下的工作就是按照Win98的安裝嚮導的提示逐步進行下去。安裝Win98的過程中就會提示安裝某些硬體的驅動程式，這時你要將對應的驅動程式檔案所在的位置告知安裝嚮導，有些硬體，如顯示卡，可能需要在Win98安裝結束之後再另行安裝。