1999年，惠來縣轄14鎮3鄉（惠城鎮、華湖鎮、仙庵鎮、靖海鎮、周田鎮、前詹鎮、神泉鎮、東隴鎮、岐石鎮、隆江鎮、溪西鎮、鰲江鎮、東港鎮、葵潭鎮、南海鄉、青山鄉、河林鄉）；大南山華僑管理區轄3辦事處（桃園辦事處、龍湖辦事處、嶺門辦事處）。　　2000年，惠來縣轄14個鎮、3個鄉。據第五次全華人口普查資料，全縣總人口961658人，其中：惠城鎮 115033人、華湖鎮 56075人、仙庵鎮 72274人、靖海鎮 64137人、周田鎮 65582人、前詹鎮 43938人、神泉鎮 70110人、東隴鎮 73523人、岐石鎮 48583人、隆江鎮 99244人、溪西鎮 45636人、鰲江鎮 38461人、東港鎮 25384人、葵潭鎮 75063人、南海鄉 13965人、青山鄉 10494人、河林鄉 17255人、東埔農場虛擬鎮 9654人、葵潭農場虛擬鎮 4325人、大南山華僑管理區虛擬鎮 12303人、青坑林場虛擬鄉 619人。 　　2002年，惠來縣轄14個鎮（惠城、華湖、仙庵、靖海、周田、前詹、神泉、東隴、岐石、隆江、溪西、鰲江、東港、葵潭）、3個鄉（南海、青山、河林）。　　2003年，惠來縣撤銷青山鄉，將其行政區域併入葵潭鎮和隆江鎮；其管轄的螃蟹、青坑、圓墩3個村委會劃歸葵潭鎮，葵潭鎮政府駐地不變；其管轄的頭寮、尾寮2個村委會劃歸隆江鎮，隆江鎮政府駐地不變。撤銷河林鄉，將其行政區域併入惠城鎮，調整後，惠城鎮轄原惠城鎮和河林鄉的行政區域範圍，惠城鎮政府駐地不變。