嘉靖帝在位早期英明苛察，做了很多大事，嚴以馭官，寬以治民，整頓朝綱、減輕賦役，對外抗擊倭寇，重振國政，開創了嘉靖中興的局面。後期雖然好道教，然而依然牢牢掌控著朝廷官吏，可以稱得上是位有作為的皇帝。嘉靖帝在位期間鞏固了明代的統治，為隆慶新政與張居正改革、嘉隆萬大改革奠定了基礎。 嘉靖四十五年（1567年）嘉靖帝駕崩，享年60歲。廟號世宗，諡號欽天履道英毅神聖宣文廣武洪仁大孝肅皇帝。 葬於北京明十三陵的永陵。在位時間在明代皇帝中僅次於其孫子明神宗萬曆帝。 嘉靖帝是中國歷史上最為獨特的皇帝，也是明朝皇帝中最任性和倔強的一位， 他為人聰明，尤其在書法和文辭修養都有不錯的造詣。 同時也特別敏感，但是也十分勤奮，批閱奏書票擬經常到後半夜。 雖然清人編纂的《明史》說他二十多年避居西苑，練道修玄，但是卻始終牢牢掌控著整個明朝的政治、財經、軍事和民生大權。 史書評價嘉靖帝為“中興之主”，說他“有不世之奇謨六，無競之偉烈四，而又有震世之獨行五”。

《明史》贊曰：世宗御極之初，力除一切弊政，天下翕然稱治。顧迭議大禮，輿論沸騰，倖臣假託，尋興大獄。夫天性至情，君親大義，追尊立廟，禮亦宜之；然升祔太廟，而躋於武宗之上，不已過乎！

若其時紛紜多故，將疲於邊，賊訌於內，而崇尚道教，享祀弗經，營建繁興，府藏告匱，百餘年富庶治平之業，因以漸替。雖剪剔權奸，威柄在御，要亦中材之主也矣。