在AC的世界觀裡，在人類發跡之前還有一個偉大的文明，它就是伊蘇。也被稱為第一文明。簡單來說，就是科幻領域裡講的超史前文明，說白了就是認為人類進化之前，有一個高度發達的文明，因為某種原因沒落了，但留下來的遺物很強大，被後來人類視作為神物。在AC裡，它就是伊蘇碎片，也被稱為伊甸蘋果。

從古到今，都有一些好奇的人，去追尋第一文明的遺物，其中有人獲得了它們，藉此加強自己對人民的統治。在這種藉助神一樣的科技來壓迫人民的過程中，有人反抗，有人保護，反抗的人稱為刺客聯盟兄弟會，保護的人稱為聖殿騎士團。

這種對抗，在歷史程序中逐漸將越來越多的伊甸蘋果隱藏了起來。因為是兩個組織，所以針對的人肯定不是一個，這也是AC為何歷代有不同主角的原因。一家名為Animus的公司，實際是聖殿騎士現代的一個隱蔽身份，他們藉助技術，找尋先前刺客的直系後裔，透過某種聯絡，讓他們透過虛擬連線的形式，回到祖先的生活中，實際人是不動的，只是腦子可以看到祖先的所作所為，而Animus藉此去找尋伊甸蘋果的線索。

（最後幾句是劇透）感覺就是為了給新現代主角賦予戴斯蒙德的使命。埃及先行者用巴耶克像艾吉奧給戴斯蒙德傳資訊一樣給新主角留言。留言的意思大概意思是：什麼是真的什麼是假的，現在你我（現實中）所在的世界為什麼不是另一個大型的Animus？在先行者看來資料和時間、世界都是一樣的，世界會想著同一個結果進發。先行者算到了無數個透過結局的過程，但無法改變結局。戴斯蒙德犧牲讓一部分人認為毀滅的結局被躲避了，而實際上戴斯蒙德的犧牲只是推遲了大毀滅。主角只是個代替戴斯蒙德的新的預言者（三里提到的世界毀滅後，給新世界指引方向的人），或者是又一個傳遞資訊的人。

（再次劇透預警）至於具體劇情沒什麼意義，大多數現代劇情都在主角的電腦裡的文件。介紹了主角的家庭背景和刺客信條電影的一些聯絡。主角給電影裡的新型Animus出過主意（主角相當擅長這些設計），和電影裡的女博士有點交情。剩下的就是從各種文件郵件裡瞭解主角的性格。中間主角想揹著Abstergo搞出點成績再上報時被發現，然後在被滅口時靠出血效應用阿雅的袖劍刺死了幾個Abstergo的安全部門員工。這時沙塵暴封門，跑不了也不用擔心再被滅口，於是回到animus裡繼續巴耶克的旅程，主線通關之後再次醒來時戴斯蒙德老爹坐在旁邊全主角入夥，主角有條件的答應了。之後和威廉邁爾斯對話裡看是：要等一個小時後直升機過來協助撤離，主角覺得老頭子太煩就決定繼續到animus裡躲著。然後就是進行dlc了，再來就是ODYSSEY接後續了。