準噶爾汗國，是準噶爾部（衛拉特蒙古的一支）的首領噶爾丹於1676年打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗之後，把鬆散的聯盟體制步步改變為集權的政權體制後建立的君主制國家。噶爾丹透過把準噶爾首領的臺吉地位上升為汗王地位，在1678年正式建立了一個汗國。因1635年衛拉特盟主固始汗遣使歸順後金，且1646年衛拉特各部首領聯名歸順清朝，所以噶爾丹建立準噶爾汗國改變了衛拉特與清朝的主從關係，標誌著衛拉特蒙古的重新獨立。

早期準噶爾部落

1670年，準噶爾首領巴圖爾琿臺吉的兒子僧格被殺後，他的異母弟噶爾丹奪得了準噶爾部的臺吉位（低於汗位）。

1676年噶爾丹打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗，把鬆散的聯盟步步改變為壟斷權力的汗國。

1678年，噶爾丹出兵南疆，佔領葉爾羌汗國。1688年，噶爾丹突然率兵越過杭愛山，大舉進攻土謝圖汗，迫使喀爾喀蒙古諸部南遷。1690年6月，噶爾丹又向漠北喀爾喀蒙古進攻，康熙帝組織左右兩路大軍親征，噶爾丹潰逃。

清朝康熙前期準噶爾與清帝國版圖

噶爾丹敗亡後，他的侄子策妄阿拉布坦繼任準噶爾部臺吉，準噶爾部又逐漸強大起來，與清朝再次發生衝突。1716年，準噶爾部出兵西藏，佔領拉薩。1718年，清朝由青海出兵入藏，全軍覆沒。1720年，清朝第二次出兵，趕走準噶爾軍。

1727年，策妄阿拉布坦去世，其子噶爾丹策零即位。雍正帝發軍進攻準噶爾，結果大敗，清軍退出科布多。1735年，雍正和準噶爾帝國簽訂和約，規定兩大帝國以漠北杭愛山為界，以東屬清，以西屬準噶爾。

雍正時期準噶爾與清帝國版圖

1755年，乾隆帝趁準噶爾內亂之機出兵進佔伊犁、擊潰達瓦齊軍。

1757年，清軍平定阿睦爾撒納的叛亂，完全控制衛拉特區域，準噶爾汗國滅亡。

吞併準噶爾汗國之後的大清帝國版圖

總體來說，清朝康熙時期清帝國與準噶爾汗國在軍事上互有勝負，總體來說清帝國佔據優勢，與準噶爾汗國的戰爭勝多敗少。到雍正時期兩國戰爭以準噶爾汗國佔據優勢，並且兩國簽訂盟約，劃出了國土交界處。到了乾隆時期清帝國在人口經濟軍事各方面完全碾壓準噶爾汗國的存在，並且由於準噶爾汗國內部種種原因，使得乾隆皇帝藉機出兵滅掉了準噶爾汗國，使西域在唐朝之後時隔千年重歸版圖，舊土新歸，所以乾隆帝親自取名“新疆”。

清朝雖然後期被列強壓在地上摩擦，對列強唯唯諾諾，屢戰屢敗，割地賠款喪權辱國，但是清朝前期各皇帝對統一國家開疆拓土相當熱衷，乃至在建國入關百餘年之後，乾隆皇帝仍然奪取了準噶爾舊地，維護了祖國統一，這是值得肯定的。