1.消滅喬、不同意加入博士
博士親自出馬，派出試驗品消滅玩家。但是在過程中發生了一點小意外，試驗品竟然將博士吃掉了。
之後主角追了上去，巴哈姆特上校發現異形已經無法控制只能選擇逃離。這時候玩家們就需要面對各種異形首腦了：異形皇后和天王創魔心。
消滅BOSS之後繼續追擊上校。但是，當玩家追出去時發現已經晚了，巴哈姆特上校已經坐飛機逃離。
最後一幕，巴哈姆特上校表示：我還會回來的
2.消滅喬，假意答應加入博士
這時候就可以避免和博士開戰了，而博士會將你帶入內部。巴哈姆特會告訴玩家已經將所有的設施全都轉移到太空了，而目前這個基地即將發生爆炸。此時博士發現主角的假意投誠，於是利用病毒將逃跑的小兵全都變成了異形。玩家想要逃走必須先消滅這些異形。
之後主角一路殺出，甚至來到了太空基地之中和博士的機器人進行戰鬥。雖然主角趕上來了，但是巴哈姆特已經將病毒透過加農炮發射到地球。換句話說，地球將再次被異形入侵。
憤怒的主角決定和BOSS同歸於盡，在強勢的攻擊之下終於消滅了巴哈姆特，併成功摧毀了太空基地。主角在這場戰鬥中宣佈死亡，他的身影將化為一道豐碑。
如果玩家之前沒有幹掉喬，而且在後期又加入博士的話，結局又有些不同了。
作為天生的戰鬥狂人：喬，他對上次的戰鬥未分勝負一直感到耿耿於懷，而這一次機會他自然不會放過。於是他會在途中歸還主角的武器，然後再一次挑戰玩家。在幹掉喬之後，玩家擊敗了變異的博士，直接衝到了基地核心處，在這裡再一次遇到了巴哈姆特上校。按照之前的劇情，巴哈姆特上校是想將異型細胞轉移到太空去，玩家這時候到來就破壞了他的計劃。於是巴哈姆特上校選擇吸收了異型細胞作戰，但是最後卻被反噬了。
最終，玩家擊敗了異形細胞，而基地也在這一刻完全的被消滅了
不去追擊喬，拒絕博士之後，他就會發起攻擊。玩家擊敗他之後繼續追擊巴哈姆特，這時候就會出現另一個分支。玩家如果選擇同意加入的話，就會出現一個新的結局。
主角最終沒有抵擋住誘惑，選擇了同流合汙。而他強悍的能力配合巴哈姆特上校的實力，成為最佳搭檔。異性戰爭就這麼僵持了下去，似乎永遠沒有盡頭。人類似乎再也無法看到未來的曙光。
玩家選擇拒絕之後，馬上進入戰鬥狀態，巴哈姆特的實力一般般沒有費多大力就消滅了。本以為一切都結束了，但是沒想到在巴哈姆特死後，裝載了異形病毒的火箭發射器竟然自動發射了。主角並沒有成功阻止火箭的發射，不過好在追上了火箭。只要期間想辦法阻止火箭還是有一線生機的。然而，此時喬再次出現，對玩家進行阻止。
在結束和喬的戰鬥之後，玩家終於來到了火箭的頂端。而此時裝載的異形細胞已經破殼而出，玩家需要在太空之中將其殲滅。
這是人類最終的命運，也是遊戲的真正結局。
最終玩家成功擊敗了異形細胞，將傷亡降至最低，成為這個時代的傳奇。
隱藏結局
在第三關有一個神秘人，玩家可以在這裡觸發進入競技場，挑戰遊戲中的三個BOSS，然而這個結局屬於是惡搞，因此發生了不可思議的事情。因為戰鬥的能量太大導致次元裂口的出現，玩家進去之後就被傳送到了遠古時期。而這個時候人類都還沒有開始發展。
於是我們的主角只能和一群猴子生活下去，成為這裡的老大。
1.消滅喬、不同意加入博士
博士親自出馬，派出試驗品消滅玩家。但是在過程中發生了一點小意外，試驗品竟然將博士吃掉了。
之後主角追了上去，巴哈姆特上校發現異形已經無法控制只能選擇逃離。這時候玩家們就需要面對各種異形首腦了：異形皇后和天王創魔心。
消滅BOSS之後繼續追擊上校。但是，當玩家追出去時發現已經晚了，巴哈姆特上校已經坐飛機逃離。
最後一幕，巴哈姆特上校表示：我還會回來的
2.消滅喬，假意答應加入博士
這時候就可以避免和博士開戰了，而博士會將你帶入內部。巴哈姆特會告訴玩家已經將所有的設施全都轉移到太空了，而目前這個基地即將發生爆炸。此時博士發現主角的假意投誠，於是利用病毒將逃跑的小兵全都變成了異形。玩家想要逃走必須先消滅這些異形。
之後主角一路殺出，甚至來到了太空基地之中和博士的機器人進行戰鬥。雖然主角趕上來了，但是巴哈姆特已經將病毒透過加農炮發射到地球。換句話說，地球將再次被異形入侵。
憤怒的主角決定和BOSS同歸於盡，在強勢的攻擊之下終於消滅了巴哈姆特，併成功摧毀了太空基地。主角在這場戰鬥中宣佈死亡，他的身影將化為一道豐碑。
如果玩家之前沒有幹掉喬，而且在後期又加入博士的話，結局又有些不同了。
作為天生的戰鬥狂人：喬，他對上次的戰鬥未分勝負一直感到耿耿於懷，而這一次機會他自然不會放過。於是他會在途中歸還主角的武器，然後再一次挑戰玩家。在幹掉喬之後，玩家擊敗了變異的博士，直接衝到了基地核心處，在這裡再一次遇到了巴哈姆特上校。按照之前的劇情，巴哈姆特上校是想將異型細胞轉移到太空去，玩家這時候到來就破壞了他的計劃。於是巴哈姆特上校選擇吸收了異型細胞作戰，但是最後卻被反噬了。
最終，玩家擊敗了異形細胞，而基地也在這一刻完全的被消滅了
不去追擊喬，拒絕博士之後，他就會發起攻擊。玩家擊敗他之後繼續追擊巴哈姆特，這時候就會出現另一個分支。玩家如果選擇同意加入的話，就會出現一個新的結局。
主角最終沒有抵擋住誘惑，選擇了同流合汙。而他強悍的能力配合巴哈姆特上校的實力，成為最佳搭檔。異性戰爭就這麼僵持了下去，似乎永遠沒有盡頭。人類似乎再也無法看到未來的曙光。
玩家選擇拒絕之後，馬上進入戰鬥狀態，巴哈姆特的實力一般般沒有費多大力就消滅了。本以為一切都結束了，但是沒想到在巴哈姆特死後，裝載了異形病毒的火箭發射器竟然自動發射了。主角並沒有成功阻止火箭的發射，不過好在追上了火箭。只要期間想辦法阻止火箭還是有一線生機的。然而，此時喬再次出現，對玩家進行阻止。
在結束和喬的戰鬥之後，玩家終於來到了火箭的頂端。而此時裝載的異形細胞已經破殼而出，玩家需要在太空之中將其殲滅。
這是人類最終的命運，也是遊戲的真正結局。
最終玩家成功擊敗了異形細胞，將傷亡降至最低，成為這個時代的傳奇。
隱藏結局
在第三關有一個神秘人，玩家可以在這裡觸發進入競技場，挑戰遊戲中的三個BOSS，然而這個結局屬於是惡搞，因此發生了不可思議的事情。因為戰鬥的能量太大導致次元裂口的出現，玩家進去之後就被傳送到了遠古時期。而這個時候人類都還沒有開始發展。
於是我們的主角只能和一群猴子生活下去，成為這裡的老大。