首要病害有青枯病、晚疫病。病蟲害在番茄的生長過程中均可能發生風險，且發生蔓延的時間迅速，是以，在出產過程中應實時深切田間察看，進行有效的防治。並注重選用抗病品種，合理密植，加強田間管理，與非茄科作物實行3年以上輪作等。在櫻桃番茄病發初期起頭噴施安克錳鋅600～800倍液或者雷多米爾600倍液，霜黴疫淨800倍液，即可到達很好的防治效果。也很可能是枯萎病，可用多菌靈灌根，病害嚴重的話，建議果斷拔除，避免傳播影響其它植株！預防：1、土壤要消毒（如不想用藥劑消毒，可將土壤暴曬幾天，再用）。2、要實行三年以上輪作！（僅供參考）

番茄根腐病，發現病株後應及時挖除，並在病穴內撒石灰消毒。發病初期，對所有的植株灌根，可選用咯菌晴， 抑快淨（惡唑菌酮+霜脲氰），10%苯醚甲環唑水分散粒劑1500倍液或60%惡霜靈可溼性粉劑500倍液、35%福·甲可溼性粉劑900倍液、3%惡黴·甲霜水劑1000倍液或72%霜脲·錳鋅可溼性粉劑800倍液等藥劑灌根防治！連續防治2~3次。採收前5天停止用藥。

根莖部維管束變褐考慮枯黃萎病感染，多在坐果後表現症狀，初在葉緣及半邊葉或整片葉黃化，嚴重時病葉脫落導致禿杆，莖基部莖杆維管束變褐，施用未腐熟糞肥，地勢低窪黏重，土壤酸化發病重建議採取嫁接育苗，多用微生物菌肥，增強土壤透氣效能，發病初期可以用40%甲硫.懸浮劑600倍液，或10%治萎靈300倍液，或50%D.T可溼性粉劑300倍液，或3%甲霜.惡黴靈800倍液+80%乙蒜素1000倍液，等藥劑，連續灌施二至三次。