rDNA，即核糖體DNA。rDNA 就是可以轉錄產生rRNA的基因，rDNA的活性改變在核仁週期（也就是細胞分裂過程中核仁的消失與重建）中發揮著重要作用。它不是單獨存在的，有時候它可以和別的基因間隔分佈，比如可以和tDNA間隔。 rDNA是編碼核糖體RNA的基因，其測定序列常用來鑑定物種同源性，和鑑別物種可以透過PCR技術和熒光染色技術結合準確定位基因位置。核糖體被譽為“細胞的蛋白質工廠”，rDNA所編碼的蛋白質就是核糖體蛋白。在普通的細胞中，存在著超過100個rDNA重複序列，而且它們相當不穩定。這些重複序列彼此之間很容易發生重組，而在人體內，這種重組若發生在其他DNA序列上則會導致多種疾病(例如，癌症和亨廷頓舞蹈症)。核糖體內不存在DNA。rDNA是指核DNA中編碼核糖體蛋白的DNA序列，只是長鏈DNA序列中的一段，不存在一條DNA序列只編碼核糖體蛋白。所以rDNA是不會單獨存在的。rRNA一般存在於細胞核的核仁組織區，在轉錄完畢後結合成核糖體的大小兩個亞基並在細胞質中與mRNA結合形成核糖體。在葉綠體和線粒體裡也有部分rRNA。