在汙水管網完善的地區，它們會和其他廢水一樣進入汙水處理系統，但在大多數地區，糞便還需要在化糞池待幾個月。

在化糞池中是怎麼樣的處理過程呢？首先，大便是食物殘渣在大腸內，一部分水分和電解質等被大腸黏膜吸收，剩下的經過細菌發酵和腐敗，變成糞便排出體外。正常情況下的大便是一條 10-20cm 的圓柱，其中 70% 是水，剩下的固體由死細菌，未消化的食物殘渣，脂肪、蛋白質和上皮細胞組成。

化糞池的原理就是固液分層和分解細菌。常見的化糞池有三個隔間，第一池佔總容量 60%，第二池與第三池各佔總容量的 20%。

固體糞便在第一池中被厭氧細菌沉澱分解，然後經過初步發酵的糞液經過糞管溢流至第二池。流入第二池的糞液進一步發酵分解，病原體逐漸死亡，糞皮糞渣數量大為減少。流入第三池糞液中的病菌和寄生蟲卵已基本殺滅，可以與生活汙水一起被汙水處理廠處理。小區裡寫著“汙”字的井蓋下面就是小區的化糞池。

在糞便發酵 3 個月到12 個月，環衛局的公廁管理隊就會用抽糞車抽走化糞池中儲存的糞便，送到垃圾填埋廠。

在垃圾填埋廠，大便經過脫水處理成為固體絮狀，最後送到位垃圾填埋場填埋或者指定處填肥。