巴氏殺菌是利用低於100攝氏度的熱力殺滅微生物的消毒方法，由德國微生物學家巴斯德於1863年發明，至今國內外仍廣泛應用於牛奶、人乳及嬰兒合成食物的消毒。

新鮮原奶中的生物活性物質十分怕熱，如果用攝氏100度的消毒方法，則原奶中的生物活性物質將被破壞，而且原奶中的維生素、蛋白質等也有損失。

巴斯德透過大量科學實驗證明，如果原奶加工時溫度超過85℃，則其中的營養物質和生物活性物質會被大量破壞，但如果低於85℃時，則其營養物質和生物活性物質被保留，並且有害菌大部分被殺滅，有些有益菌卻被存留。所以，將低於85℃的消毒法稱作巴氏消毒法，可以說，這是新鮮牛奶最科學、最好的加工工藝。採用巴氏滅菌法生產的鮮奶，其營養價值和保健功能與新鮮原奶基本相同。

現用的巴氏殺菌方法一般有兩種：一是加熱到61.1～65.6攝氏度之間，30分鐘；二是加熱到71.7攝氏度，至少保持15秒鐘。

由於巴氏消毒法所達到的溫度低，故達不到滅菌的程度。但是它可使布氏桿菌、結核桿菌、痢疾桿菌、傷寒桿菌等致病微生物死亡，可以使細菌總數減少90％－95％，故能起到減少疾病傳播，延長物品的使用時間的作用。另外，這種消毒法不會破壞消毒食品的有效成份，且方法簡單。