距今大約1萬1千年前，古富士的山頂西側開始噴發出大量熔岩。這些熔岩形成了富士山主體的新富士。此後，古富士與新富士的山頂東西並列。約2500～2800年前，古富士的山頂部分由於風化作用，引起了大規模的山崩，最終只剩下新富士的山頂。

據估計，距今1萬1千年前到8千年前的3000年間，新富士山頂仍在不斷噴發出熔岩。此後，山頂部沒有新的噴發，但是長尾山和寶永山等側火山仍有斷斷續續的噴發活動。

史上關於噴發的文字記載有：公元800年～802年（日本延歷19～21年）的“延歷噴發”，以及864年（日本貞觀6年）的貞觀噴發，還有1707年的寶永大噴發，即富士山目前為止最後一次噴發。

1707年（日本寶永4年），富士山噴發的濃煙升到了大氣中的平流層，使富士山東南面形成了一個巨大的火山口，即寶永火山口。此次噴發使100多千米外的江戶（即今天的東京）都沉澱下了約4cm厚的火山灰，此後仍不斷觀測到火山性的地震和噴煙，而環繞富士山周圍的廣闊平原也一直有強烈的火山活動。

寶永山

寶永山（ほうえいざん，Houeizan）是富士山周圍最顯眼的寄生火山錐，其形成於1707年（日本歷寶永四年）。位於富士山東南斜面，標高2693m。在寶永山的西側，有一巨大的火山口。

地下水

在富士山域降下的雨雪，在地表下形成了地下水脈而湧出，主要有四個景點：忍野八海、白線瀑布、柿田川、湧玉池。