在培養基滅菌之前，通常應先將與罐相連的分空氣過濾器用蒸汽滅菌並用空氣吹乾。實罐滅菌時，先將輸料管路內的汙水放掉衝淨，然後將配製好的培養基泵送至發酵罐（種子罐或料罐）內，同時開動攪拌器進行滅菌。滅菌前先將各排氣閥開啟，將蒸汽引入夾套或蛇管進行預熱，待罐溫升至80~90℃，將排氣閥逐漸關小。接著將蒸汽從進氣口、排料口、取樣口直接通入罐中（如有衝視罐也同時進汽），使罐溫上升到118~120℃，罐壓維持在0.09~0.1mpa（表壓），並保持30min左右。各路進氣要暢通，防止短路逆流，罐內液體翻動要激烈；各路排汽也要暢通，但排汽量不宜過大，以節約用氣量。在保溫階段，凡進口在培養基液麵以下的各管道及衝視鏡管都應進汽；凡開口在液麵之上者均應排汽。無論與罐連通的管路如何配製，在實消時均應遵循“不進則出”的原則。這樣才能保證滅菌徹底，不留死角。保溫結束後，依次關閉各排汽、進汽閥門，待罐內壓力低於空氣壓力後，向罐內通入無菌空氣，在夾套或蛇管中通冷卻水降溫，使培養基的溫度降到所需的溫度，進行下一步的發酵和培養。在引入無菌空氣前，應注意罐壓必須低於過濾器壓力，否則物料將倒流入過濾器內，後果嚴重！滅菌時，總蒸汽管道壓力要求不低於0.3~0.35mpa，使用壓力不低於0.2mpa。