因為富士山是一座活火山，具體形成過程如下：

　　距今大約1萬1千年前,古富士的山頂西側開始噴發出大量熔岩。這些熔岩形成了現在的富士山主體的新富士。此後,古富士與新富士的山頂東西並列。約2500-2800年前,古富士的山頂部分由於風化作用,引起了大規模的山崩,最終只剩下新富士的山頂。

據估計,距今1萬1千年前到8千年前的3000年間,新富士山頂仍在不斷噴發出熔岩。此後,山頂部沒有新的噴發,但是長尾山和寶永山等側火山仍有斷斷續續的噴發活動。

史上關於噴發的文字記載有:公元800年-802年(日本延歷19-21年)的“延歷噴發”,以及864年(日本貞觀6年)的貞觀噴發。富士山最後一次噴發是在1707年(日本寶永4年),這次由寶永山發出的濃煙到達了大氣中的平流層,在當時的江戶(現稱東京)落下的火山灰都積有4釐米厚。此後仍不斷觀測到火山性的地震和噴煙,一般認為今後仍存在噴發的可能性。

根據東京大學地震研究所於2004年4月進行的鑽探調查,在上述的3座山體下仍存在更為古老的山體。這第4座山體被命名為先小御嶽。