這個問題可以從兩個方面回答，第一個是比較已經修建完畢的南水北調線路，第二個是比較南水北調工程規劃的所有線路。
南水北調當前在執行的線路分別是東線、中線，這兩條線路難度可以說半斤八兩，各有困難又各有優勢。東線的實施優勢是大量依託京杭大運河河道，可以最大限度減少沿線拆遷量，而難點在於原有的老渠道改造，既要保證疏浚暢通，又要保證不對古河道產生破壞，且東線的取水水質本就不算佳，過程中又經過中國人口最稠密地區，所以如何保證水質不受汙染也是難題之一。
相比之下中線的施工難處在於全新線路所涉及的沿線拆遷，因為南水北調線路不是隻惠及終點城市，沿途所經過的缺水城市也皆會受益，這就無可避免的需要穿過人口密集地區，因此也就產生了大量拆遷，人口遷移成本巨大。當然，南水北調優勢也很明顯，優點一是從取水水源開始一直到目的地水質都比較優良，優點二是線路起點與終點之間存在天然落差，可以最大限度實現自然徑流。
其實東線與中線之間的比較價值不是很大，南水北調所有線路中，真正具備比較意義的是西線，因為西線所規劃地區與東線、中線截然不同，所經過地區要麼是高山峽谷，要麼是高原雪山，中線或者東線的方案完全不適合西線。就以西線建設過程中要穿鑿的隧洞為例，東線、中線大部分採用明渠方式，隧洞只是在河流交匯時才會短距離修建，但西線的隧洞建設可能要佔整個線路的80%以上，且要採用深埋方式的隧洞，以防止西部高原冬季低溫使明渠結冰，那這當中的工程量難度可想而知，所以西線工程規劃多年後仍然沒有實際動工。
當前中國在建設的長距離輸水工程，採用長距離隧洞方式的主要有兩條，分別是滇中引水工程和引漢濟渭，其中滇中引水工程因為所經地區也要翻越高原，所以難度也比較大，但與南水北調西線工程量比起來仍然是小巫見大巫，未來這兩個工程全都建設完畢，積累豐富隧洞經驗後，南水北調西線可能才有希望開工建設。
這個問題可以從兩個方面回答，第一個是比較已經修建完畢的南水北調線路，第二個是比較南水北調工程規劃的所有線路。
南水北調當前在執行的線路分別是東線、中線，這兩條線路難度可以說半斤八兩，各有困難又各有優勢。東線的實施優勢是大量依託京杭大運河河道，可以最大限度減少沿線拆遷量，而難點在於原有的老渠道改造，既要保證疏浚暢通，又要保證不對古河道產生破壞，且東線的取水水質本就不算佳，過程中又經過中國人口最稠密地區，所以如何保證水質不受汙染也是難題之一。
相比之下中線的施工難處在於全新線路所涉及的沿線拆遷，因為南水北調線路不是隻惠及終點城市，沿途所經過的缺水城市也皆會受益，這就無可避免的需要穿過人口密集地區，因此也就產生了大量拆遷，人口遷移成本巨大。當然，南水北調優勢也很明顯，優點一是從取水水源開始一直到目的地水質都比較優良，優點二是線路起點與終點之間存在天然落差，可以最大限度實現自然徑流。
其實東線與中線之間的比較價值不是很大，南水北調所有線路中，真正具備比較意義的是西線，因為西線所規劃地區與東線、中線截然不同，所經過地區要麼是高山峽谷，要麼是高原雪山，中線或者東線的方案完全不適合西線。就以西線建設過程中要穿鑿的隧洞為例，東線、中線大部分採用明渠方式，隧洞只是在河流交匯時才會短距離修建，但西線的隧洞建設可能要佔整個線路的80%以上，且要採用深埋方式的隧洞，以防止西部高原冬季低溫使明渠結冰，那這當中的工程量難度可想而知，所以西線工程規劃多年後仍然沒有實際動工。
當前中國在建設的長距離輸水工程，採用長距離隧洞方式的主要有兩條，分別是滇中引水工程和引漢濟渭，其中滇中引水工程因為所經地區也要翻越高原，所以難度也比較大，但與南水北調西線工程量比起來仍然是小巫見大巫，未來這兩個工程全都建設完畢，積累豐富隧洞經驗後，南水北調西線可能才有希望開工建設。