1．物理方法

清塘挖淤一般在冬季或早春等生產閒季進行。大多先排乾池水，然後用水力挖塘機組清除淤泥。此法成本低、適應性強，但作業時需要有水源和較大的荒地或淺灘用於排放泥漿，讓其沉澱。生產實踐證明：鰱、鱅、羅非魚池底泥厚度在20-40釐米；草、魴、鯉魚池底泥以O-15釐米為宜。因此，為保持良好水質，每隔l～2年應清除10-20釐米呈暗黑色的底泥。

2．化學方法

化學方法最常用的就是生石灰清塘。生石灰遇水後發生化學反應，放出大量的熱能，中和淤泥中的各種有機酸，改變酸性環境，從而可以起到除害殺菌、施肥、改善底質和水質的作用，使用時可乾池清塘或帶水清塘。除生石灰外，還可選用化學複合型底質改良劑。

3．生物方法

利用生物來修復養殖塘底質，減少底質有機物的積累也能取得顯著效果。光合細菌以及複合益生菌等微生物製劑也能對池塘底質進行改良。光合細菌在池底汙染嚴重或水質不良又不能換水的封閉式養殖塘可發揮出較明顯的作用。複合型微生物底質改良劑，能發揮各菌種的協同作用，將殘餌、排洩物、動植物屍體等造成底質變壞的隱患及時分解消除，不僅能改善底質和水質，而且能控制病原微生物及其病害的蔓延擴散。