明末時期的大都督府是明朝中軍都督府﹑左軍都督府﹑右軍都督府﹑前軍都督府﹑後軍都督府五都督府的總稱﹐統領全國軍隊的最高軍事機構。

五軍都督府分領在京除親軍指揮使司外的各衛所和在外各都司衛所。凡武職世官﹑流官﹑土官之襲替﹑優養﹑優給等項﹐所屬皆上報於府﹐府再轉送兵部請選。選定後﹐經府下達都司衛所。首領官之選授和給由﹐皆由吏部。其它如武官誥敕﹑水陸步騎之操練﹐軍伍之清勾替補﹐俸糧﹑屯費與屯種之器械﹑舟車﹐軍情聲息﹐邊腹地圖文冊﹑薪炭荊葦諸事﹐移與相關機構會同處理﹐各府只有統兵權﹐調兵之權在兵部﹐每逢戰事發生﹐由皇帝命將為帥﹐調領五軍都督府所轄衛所之兵佩印出徵。軍還即歸印於朝﹐兵回衛所。明中後期五軍都督府失去了參政﹑議政權，由“總內外諸軍事”的中樞機構變成處處受制於兵部的單純執行命令的機構，則是一分為五背後都督府實權削弱殆盡的事實。。

五軍都督府和兵部都聽命於皇帝， 五軍都督府調有統兵權而無調兵權，兵部擁有調兵權而無統兵權。五軍都督府和兵部相互節制互不統屬。