建初七年（82年），漢章帝廢太子劉慶，立劉肇為皇太子。章和二年（88年），漢章帝逝世，劉肇即位，養母竇太后臨朝稱制。永元四年，劉肇聯合宦官掃滅竇氏戚族。劉肇成功奪回政權，再現了漢宣帝劉詢誅霍禹的故事。

在一舉掃平了外戚竇氏的勢力後，劉肇開始親理政事，每日臨朝聽政，深夜批閱奏章，從不荒怠政事，故有“勞謙有終”之稱。 劉肇當政時期，曾多次下詔賑濟災民 、減免賦稅 、安置流民 、勿違農時 ，並多次下詔納賢 ，在法制上也主張寬刑 ，並在西域復置西域都護 。漢和帝十分體恤百姓疾苦，多次下詔理冤獄、恤鰥寡、矜孤弱、薄賦斂，告誡上下官吏反省造成天災人禍的自身原因。 元興元年（105年），墾田面積達732萬多頃，為東漢之最，戶籍人口達5325萬多人。 劉肇親政期間東漢國力達到鼎盛，時人稱為“永元之隆”。

漢和帝劉肇，堪稱心比天高，命比紙薄的典範，是有能力有手段的君主，也是勤政愛民的明君，假如多給他三十年，可能東漢的歷史就會被改寫，但是歷史就是歷史，沒有假如，他就是英年早逝，活了27歲就死了。