首先是生物的型別不一樣。雖然細菌和真菌都是由細胞組成的細胞型生物，可細菌只有單個細胞，而真菌既有單細胞型也有多細胞型。並且細菌是原核生物，沒有真正的細胞核。真菌是真核生物有完整的細胞核。

其次是兩者內部結構不懂，兩者都有細胞共有的細胞壁、細胞膜、細胞質。但這些結構的內在成分確實不一樣的。比如細胞壁：細菌有肽聚糖構成，真菌確實幾丁質。

然後是細胞內的細胞器也不一樣，細菌的細胞器很單一，只有核糖體用來供給能量。而真菌的細胞器很完整，和正常細胞一樣存在內質網、高爾基體等細胞器。

最後是生殖方式不一樣了，細菌沒有真正的細胞核，隨意可以進行分裂生殖。而真菌是有絲分裂，主要有像酵母菌一樣的出芽生殖和食用菌類的孢子生殖。

動物體內是有真菌和孢子的，主要存在方式是寄生。

真菌和細菌的一般生理特性不同，包括不同生物，不同細胞結構，不同繁殖方式等。那麼，真菌和細菌結合人類機體也有不同點。在不致病的一般情況下，真菌和細菌都可以定植在人體內，和平共處，各取所需。那麼什麼情況下致病呢？簡單點說就細菌或真菌與人體之間的平衡打破了，就可能致病。細菌致病多為病從口入，比較常見。相對而言，真菌致病主要還是取決於宿主因素本身，如果一個人侵蝕性真菌感染就就要注意了，要尋找宿主本身原因了，是長期服用糖皮質激素類藥物麼？腫瘤麼？或者是其他消耗性疾病。