矽藻泥的缺點：

施工難度比較大；

價格貴；

差的矽藻泥還容易掉很多粉。

矽藻泥可以完成個性化的複雜肌理製作，因為它是“固體”可以定型，而不是像“液體”一般無法固定形狀。但換一個角度來看，這其實也是一個缺點，如果要求如乳膠漆一般表面平整光滑，矽藻泥是無法實現的。

矽藻泥的耐沾汙能力與部分專業乳膠漆和瓷磚相比，還是有一定差距的。一般，耐沾汙效果好的乳膠漆可以做到普通汙漬無法浸透，用溼抹布在表面擦拭即可清理乾淨，瓷磚表面有釉面保護，這方面的功能更強。但矽藻泥因為表面多孔結構的存在，如果是普通灰塵或泥土還比較容易清理，但遇到一些滲透性強的汙漬，尤其是液體性的，很可能會因滲透過深而留下不可逆轉的“疤痕”。

矽藻泥和乳膠漆不能說哪個更好，各有自己的用途和優點。

乳膠漆是乳膠塗料的俗稱，誕生於二十世紀七十年代中下期，是以丙烯酸酯共聚乳液為代表的一大類合成樹脂乳液塗料。乳膠漆是水分散性塗料，它 是以合成樹脂乳液為基料，填料經過研磨分散後加入各種助劑精製而成的塗料。乳膠漆具備了與傳統牆面塗料不同的眾多優點，如易於塗刷、乾燥迅速、漆膜耐水、耐擦洗性好等。在中國，人們習慣上把合成樹脂乳液為基料，以水為分散介質，加入顏料、填料（亦稱體質顏料）和助劑，經一定工藝過程製成的塗料，叫做乳膠漆，也叫乳膠塗料。