萬曆皇帝之所以不上朝主要原因之一就是當他自己慢慢掌握政權，他就發現看起來擁有無邊無盡權力的皇帝，其實在很多的時候都受到了文武百官的限制即使已經廢除了丞相，但是還是有很多的大臣組成了一個集團來制約皇權，這不是他想要的生活，他想要自由，他想要他的治治國之道得到很多人的支援。在前期的時候他確實為了自己的這種理想去奮鬥，但是到最後他卻發現這種奮鬥似乎並沒有什麼效果，於是他開始為了宣洩不滿就不上朝

第2個原因就是在明朝的時候雖然對於人的思想有一定的限制，但是不知道為什麼在明朝言官特別的盛出，常常一個言官為了讓皇帝聽取自己的意見就進行死諫而且前赴後繼，萬曆皇帝他希望自己能夠統帥所有的人，而不是被這種人來制約。而且因為言官的盛行很多時候他們只是為了沽名釣譽而進行捕風捉影。這種做法對於國家來講沒有任何的促進作用，這讓萬幣覺得力不從心想要逃避這種現實。

第3個原因就是在明朝的時候罌粟被廣泛地種植了，那時候就已經制作成為鴉片流傳流傳到市場當中，萬曆皇帝也吸食了這種鴉片就開始變得墮落和沉迷於美色。為了能夠滿足自己的慾望他常常就進行選秀，根據史料記載他曾有一次一天娶了9個媳婦。

第4個原因是在21世紀我們挖出萬曆皇帝的墓穴而得到的結論，在萬曆皇帝的棺材內我們看見他的屍骨復原圖得知，他的右腿與左腿是不對稱的，這就說明這位皇帝他在生前的時候不良於行，這就導致他每天很難上朝這種身體狀況不適合他出席活動。