冷鏈物流產業在快速發展過程中還面臨諸多挑戰。其中冷鏈斷鏈，即冷鏈物流產品脫離冷鏈或儲運溫度超過要求的溫度範圍，是冷鏈經營和管理面臨的挑戰之一。特別是需要冷鏈儲運的醫藥、疫苗等高階產品，一旦發生斷鏈，後果非常嚴重。

　　例如，2010年曝光的山西疫苗熱暴露事件與2016年的山東疫苗事件，都是因為疫苗在儲運過程中脫離冷鏈，給疫苗使用的安全性和有效性帶來嚴重隱患，引起社會高度關注。再如，在農產品物流中，發達國家完善的冷鏈物流可保證貨物損耗率低於5%，而中國不規範的冷鏈物流則導致貨物損耗率高達25%~30%。

　　發生冷鏈斷鏈的原因有三個:

　　第一，供需不平衡。中國中西部地區冷鏈硬體建設落後於東部經濟發達地區;而東部經濟發達地區卻面臨著城鎮化水平不斷提高帶來的更大需求的矛盾。

　　第二，利益驅動的成本考慮。一些冷鏈倉儲和物流企業為降低經營成本，採用不達標的裝置和設施，或不按照規定程式操作;生產企業擔心嚴格的冷鏈物流帶來的物流成本上升將反映到產品價格上，降低產品在市場的競爭力，因此即便是冷鏈物流的需求方，也有降低要求的動機。

　　第三，標準不完善。相關行業標準和規範的制定及貫徹落實的滯後，或由於缺少必要的技術支援導致的標準和規範不完善，也會造成冷鏈監管不到位，面對風險卻束手無策的局面。