根據被分離組分和固定液分子間的相互作用關係，固定液的選擇一般根據所謂的“相似性原則”，即固定液的性質與被分 離組分之間的某些相似性，如官能團、化學鍵、極性、某些化學性質等，性質相似時，兩種分子間的作用力就強，被分離組分在固定液中的溶解度就大，分配係數 大，因而保留時間就長；反之溶解度小，分配係數小，因而能很快流出色譜柱。 下面就不同情況進行討論： a、分離極性化合物，採用極性固定液。這時樣品各組分與固定液分子間作用力主要是定向力和誘導力，各組分出峰次序按極性順序，極性小的先出峰，極性越大， 出峰越慢； b、分離非極性化合物，應用非極性固定液，樣品各組分與固定液分子間作用力是色散力，沒有特殊選擇性，這時各組分按沸點順序出峰，沸點低的先出峰。對於沸 點相近的異構物的分離，效率很低； c、分離非極性和極性化合物的混合物時，可用極性固定液，這時非極性組分先餾出，固定液極性越強，非極性組分越易流出； d、對於能形成氫鍵的樣品。如醇、酚、胺和水的分離，一般選擇極性或氫鍵型的固定液，這時依組分和固定液分子間形成氫鍵能力大小進行分離。“相似相容性原 則”是選擇固定液的一般原則，有時利用現有的固定液不能達到滿意的分離結果時，往往採用“混合固定液”，應用兩種或兩種以上性質各不相同的，按適合比例混 合的固定液，使分離有比較滿意的選擇性，又不致使分析時間延長。然而，在實際工作中選擇固定液往往是或文獻介紹的例項來選用固定液的。