益生素分類有不同方法，根據產品組成成分為單一菌屬組成的單一型菌製劑和多種不同菌屬組成的複合型菌製劑二類，一般來說複合型比單一型更能促進畜禽生長及提高飼料利用率。根據產品用途及作用機制可分為微生態生長促進劑、微生態多功能製劑和微生物生態治療劑。按產品來源可分為微生物培養物乾燥劑型產品和微生物發酵產物，後者是一種含培養基的專用型產品。

按益生素所用的菌種型別主要分乳酸菌類、酵母類和芽孢桿菌類三大類：

1、乳酸菌類

乳酸菌類是一類可分解糖類產生乳酸的細菌的總稱，其中有益菌以乳酸桿菌、雙歧桿菌和糞鏈球菌屬為代表。乳酸菌類可以在腸道內合成B族維生素、維生素K、維生素D和氨基酸等物質，可提高礦物質元素的生物學活性、改善礦物質的吸收功能，進而為宿主提供必須的營養物質，以增強動物的營養代謝、促進機體生長。乳酸菌還能產生酸性代謝產物，使腸道環境偏酸性；同時，乳酸菌類還能產生溶菌素和過氧化氫等，可抑制幾種潛在病原微生物的生長。

2、芽孢桿菌類

芽孢桿菌是好氣性菌，可形成內生孢子，在所有菌屬中芽孢桿菌是最理想的微生物新增劑。它具有較高的蛋白酶、脂肪酶和澱粉酶活性，對植物性碳水化合物具有較強的降解能力，它進入腸道後能迅速復活，可消耗腸道內大量的氧，保持腸道厭氧環境，抑制致病菌的生長、維持腸道正常生態平衡。

3、酵母菌

酵母菌僅零星存在於動物胃腸道的微生物群落中，其細胞壁的主要成分是甘露聚糖和葡萄糖，甘露聚糖可增強吞噬細胞的活性。飼用酵母的種類主要有熱帶假絲酵母、產阮假絲酵母、啤酒酵母、紅色酵母等。[3]