外來汙染風險

對於一些水源不充足、水系不發達的地方來說，可能只有等到農業用水期才有比較充足的水源可用，或只能自打機井抽取地下水。

在這些地區搞水產養殖，風險點在於灌溉時期溝渠內堆積的汙染物秸稈或農藥包裝殘留隨水流動，若此時引水入塘是很容易造成水產品死亡或其他應激反應的。或由於規劃不科學、環保處理不達標，周邊一些養殖場或生活垃圾汙水也會危害到養殖安全。

養殖技術風險

很多人誤以為水產養殖很簡單，“有塘就能養”，但真想養好一池魚，實現盈利，技術和經驗是必不可少。從培育魚苗到成魚捕撈，整個養殖週期內會出現包括魚體本身和魚塘水質、病害等問題，若是不掌握一定的養魚技術經驗，很容易養毀，特別對一些近年興起的特種水產品養殖品種來說，對技術要求則更高。

苗種選擇、日常管理、防病治病、投餵管理等都直接影響著病害發生率、飼料藥品投入、水產品品質和產量等，所以進入水產養殖行業前，對於基礎的養殖技術要有所瞭解，平時多學習和請教有經驗的技術員和養殖戶。

病害侵襲風險

規模化養殖最怕的就是病害侵襲，生病的魚吃食較少甚至不吃，因此用藥治療起來也較為困難，若是引起大規模的感染對於養殖戶來講無異於重大打擊。同時，由於新手養殖戶經驗不足，若苗種採購不當，引進的一些苗種本身就帶有病原，整塘養殖就存在很大的病害風險問題。

一些病毒性疾病爆發是沒有有效治療方法的，只能透過改善環境、增強機體免疫力來減少發病率，如此一來投入的成本就會更大了!