奏摺制度的創立是在清朝，在此之前明朝將票擬製度發展到了極致，當時的大臣奏事一般要經由內閣，往往是內閣大臣謄錄並且寫上相關的處理意見再呈交給皇上。到了清朝時期，原本也是承襲明朝的制度，公事就用題本，私事用奏本，中間都要有內閣經手，並不是直接上呈皇帝，因此出於嚴密控制臣子以及進一步中央集權的需要，開始允許官員直接上奏摺，不用透過任何機構而是成為皇帝與臣子之間的直接交流。

一般來講奏摺寫好了上奏的臣子就要派專人或者是透過驛站將奏摺送到宮中，送到皇宮以後，如果皇帝在奏摺上批示了相關意見，再交給送奏摺的專人或者是驛站發還回去，中間繞開了其他機構以及個人。因此可以說清代的奏摺除了上奏的以及皇帝之外，其他人是不知曉內容的。而電視劇中的許多陰謀似乎也是利用了這一點歷史的細節。

奏摺經過皇帝的硃筆批示過後，身份就不一樣了，稱之為“硃批奏摺”。從雍正開始往後，即便是硃批過得奏摺也要在發還給上奏臣子之前，交到軍機處抄錄一份作為備案，稱之為“錄副奏摺”。也有一些奏摺，沒有皇帝的批示，最後就都把原本交給軍機處存檔了，也不用再次抄錄。還有一些密奏，涉及到個別人個別事的機密奏摺，在不宜公開的前提下，皇帝會先將奏摺留在宮中，也不發給軍機處抄錄，這一類稱作是“留中奏摺”。

雍正皇帝除了改革了硃批奏摺備案這一項以外，還將之前康熙朝的硃批奏摺重新整理，並且下令從康熙朝開始往後，所有的硃批奏摺都要在奏摺內容執行完畢後在年終彙總的時候上交給皇宮保管，個人不能抄錄也不能私藏，至此就成為了定製。

現在，如果想要查閱清朝時期的奏摺，主要還是在國家第一歷史檔案館，這裡部分開放了清朝的奏摺。此外，還有就是臺北故宮博物館也收藏有一批清朝奏摺。同時，許多的奏摺材料都陸陸續續的集結出版，或者是做成了電子檔案，方便查詢。