1、孫家鼐（1898.07-1900.00）

2、許景澄（1899.07-1900.07）

3、張百熙（1902.01-1904.02）

4、張亨嘉（1904.02-1906.02）

5、李家駒（1906.02-1907.07）

6、朱益藩（1907.07-1907.12）

7、劉廷琛（1907.12-1910.09）

8、柯劭愍（1910.09-1911.11）

9、勞乃宣（1911.11-1912.02）

10、嚴復（1912.02-1912.10）

11、何燏時（1912.12-1913.11）

12、胡仁源（1913.11-1916.12）

13、蔡元培（1916.12-1927.08）

14、蔣夢麟（1930.12-1945.09）

15、胡適（1945.09-1948.12）

16、湯用彤（1949.05-1951.09）

17、馬寅初（1951.06-1960.03）

18、陸平（1960.03-1966.06）

19、周培源（1978.07-1981.03）

20、張龍翔（1981.05-1984.03）

21、丁石孫（1984.03-1989.08）

22、吳樹青（1989.08-1996.08）

23、陳佳洱（1996.08-1999.11）

24、許智宏（1999.11-2008.11）

25、周其鳳（2008.11-2013.03）

26、王恩哥（2013.03-2015.02）

27、林建華（2015.02-2018.10）

28、郝平（2018.10-至今）