首先這個問題是錯誤的，HIV病毒可以透過血腦屏障，潛伏在腦組織的神經元裡面，而抗病毒藥很多都不能透過血腦屏障無法徹底清除腦組織中的病毒，久而久之，很多感染者會出現認知障礙，也就是說感染者老年痴呆的發生率遠高於普通人群，同樣，淋巴組織中的抗病毒藥物濃度往往也是不足以抑制淋巴結中的病毒。

血腦屏障（blood–brain barrier ，BBB），是血液和腦組織間的一種特殊屏障，由腦毛細血管內皮細胞及其之間的緊密連線，毛細管管基底膜及嵌入其中的周細胞和星形膠質細胞共同構成的膠質膜。血腦屏障是維持中樞神經系統內環境穩態的重要結構，可以限制血液中絕大部分病原微生物對腦組織的入侵，除了氧氣二氧化碳和血液中的營養物質外，大部分的藥物，絕大多數的蛋白質分子因為提及太大都無法穿越血腦屏障，血腦屏障的通透性包括兩種形式，一是被動擴散，小分子物質，如上面提到的氧氣、二氧化碳和血糖等是可以直接穿越血腦屏障的，二是主動運輸，血腦屏障會選擇性的將一些對腦組織有用的物質轉運過來。

大多數病毒是無法穿越血腦屏障的，但HIV是一個特例，美國阿爾伯特·愛因斯坦醫學院（Albert Einstein College of Medicine）的研究人員發現，20%的HIV感染病例中，HIV病毒會穿越血腦屏障進入大腦，並能在神經細胞中繁殖導致患者的認知障礙，這也是與醫學界之前普遍認為HIV病毒無法穿越血腦屏障的認識是不同的。事實上，目前對艾滋病的治療上，治療藥物無法穿越血腦屏障已經成為治癒艾滋病的最大阻礙之一，因為HIV病毒在治療期間可能透過隱藏在腦組織中避開藥物的殺滅，潛伏到安全時期再次從腦組織進入外周造成再次感染，因此，可穿越血腦屏障的HIV治療藥物已經成為目前的研究重點。

目前研究認為，病毒穿越血腦屏障的方式有兩種：第一種是病毒直接感染腦微血管內皮細胞和跨細胞途徑，透過劫持跨血腦屏障的主動運輸穿越血腦屏障，第二種是病毒透過破壞內皮細胞間緊密連線使得血腦屏障出現『缺口』進而穿越血腦屏障。