感謝邀請。首先的你問題有矛盾，首先明確如果你在高校專項計劃中被錄取了，你的就不需要再填報自主招生的志願了。高校專項計劃和自主招生都屬於特殊招生型別，都需要滿足一定的條件。在當前，高考絕大數省份都是考後知分、知位填報志願，填報志願在前，錄取在後，是兩個不同的概念。根據你的描述，我猜測是你如果被專項計劃資格審查通過了，在志願填報時如何填報的問題。按照當前大多數省份的志願填報安排，都會把高校專項、自主招生等安排到提前批次一次性填報，以陝西省為例：提前批次、單設本科、本科一批、本科二批以及職業教育（三校生）單獨招生的本、專科志願都是在6月25日起到6月28日填報。

也就是說你的問題分三種情況：

1、高校專項計劃資格審查透過，在填報志願時要在高校專項計劃志願內把你資格審查透過院校填到第一志願，如果你們透過多所且你所在省份高校專項又是按照平行志願錄取的，你可以酌情采取衝、穩、保、墊的填報原則；

2、高校專項計劃資格審查透過，自主招生初審也透過，在填報志願是可以把第一志願分別填報到高校專項計劃（按照第一條執行）、自主招生兩類，且這樣填報不影響錄取。

3、高校專項計劃資格審查透過，自主招生初審沒有透過，你只需要在提前批次填報高校專項的計劃，自主招生的志願可以不填。

下面謝雲峰老師給你重點普及一下這兩方面的知識：

一、什麼是高校專項計劃：高校專項計劃主要招收邊遠、貧困、民族等地區縣（含縣級市）以下高中勤奮好學、成績優良的農村學生。招生學校為教育部直屬高校和其他自主招生試點高校，2017年安排招生計劃不少於有關高校年度本科招生規模的2%。具體實施區域由有關省（區、市）確定。報考學生須同時具備下列三項條件：(1)符合2017年統一高考報名條件；(2)本人及父親或母親或法定監護人戶籍地在實施區域的農村，本人具有當地連續3年以上戶籍；(3)本人具有戶籍所在縣高中連續3年學籍並實際就讀。

二、什麼是自主招生：高校自主招生是中國高校考試招生制度的有機組成部分，是對現行統一高考招生錄取的一種補充。進一步完善和規範高校自主招生試點工作，要明晰試點定位，主要選拔具有學科特長和創新潛質的優秀學生。突出問題導向，著力解決自主招生中存在的“掐尖”、“小高考”、影響中學教學秩序等問題。促進科學選才，尊重教育規律和人才成長規律，透過科學有效途徑選拔特殊人才。維護公平公正，確保機會公平、程式公開、結果公正。要進一步完善招生程式，合理確定考核內容和形式，規範並公開自主招生辦法、考核程式和錄取結果，嚴格控制自主招生規模，2015年起自主招生考核安排在全國統一高考後進行。