原因之一是:巴拿馬運河全長81千米，北端的大西洋洋麵比南端的太平洋洋麵高出20多釐米。

原因之二是:世界最長的山系——科迪勒拉山系從北美洲經巴拿馬直達南美洲，巴拿馬運河穿過這個山脊造成了巨大的土石方開挖量。於是從經濟性上考慮，建造三座船閘，抬高運河河面26米，節省工程費以百億美元計。

事實上，巴拿馬運河中部是有一個湖的。這個湖是由查格里斯河（Chagres River）上修建加通水壩後蓄水形成的人工湖，名為加通湖。因此巴拿馬運河在加通湖上的水位是高於兩側大洋水位的。這樣設計的目的是為了解決運河和查格里斯河交叉的問題的。如果只修建直接連通兩大洋的運河的話，在中美洲地區雨季時候形成的洪水會從運河大量流入兩洋，影響航運，並且在平時也會影響內河航運。

巴拿馬運河高於海平面而不是地面。

巴拿馬運河為什麼高於海平面呢？詳細如下：

　　巴拿馬運河的太平洋一側比大西洋一側的水位要高出大約50釐米。形成水位差的主要原因認為有兩個：一是改變海水密度的熱膨脹所產生的效果，以及鹽分濃度的不同。

　　二是與風的應力保持平衡的水位的傾斜，以及有海流時加上的、與科氏力（地球自轉的偏向力）保持平衡的水位的傾斜。

　　在巴拿馬運河的太平洋一側，被稱為熱帶幅合區的對流層下層的溼潤大氣形成了一個東西向伸展的輻合帶。在這個區域內，雨量十分充沛。

　　因此，巴拿馬運河太平洋一側的鹽分濃度就低於大西洋一側，海水密度變小。巴拿馬運河太平洋一側與大西洋一側相比，每立方厘米的表層海水密度要低約0.001克。

　　但是，由於海洋深層水流動性差，水壓幾乎不變，因此海平面產生50釐米的水位差，其低密度層必須深達500米，這顯然是一個過高的估計，所以除此之外，還應該有另外的原因。

　　伸向巴拿馬運河太平洋一側的熱帶輻合區經常刮南風（信風），這種信風對升高水位也起到了推波助瀾的作用。由於要與信風的應力保持平衡，就產生了水位的傾斜。這樣，巴拿馬運河太平洋一側的海平面就被保持在一個高水位上。

　　與此同時，在大西洋一側，蓋亞那海流沿著巴拿馬北側海域，流向墨西哥灣，即向西流動。伴隨這股海流產生的水位傾斜，使巴拿馬運河大西洋一側沿岸水域的水位降低，而離岸較遠的近海海域的水位升高。

　　總的來說，巴拿馬運河兩邊的大西洋水位高於太平洋水位約7米。這主要是由於地球運動、洋流、大氣運動等的影響。