人體有陰陽象，所以人體的功能、部位、疾病等可以用陰陽的概念來解釋，並以陰陽的理論來推演。這是陰陽理論運用的一個重要區域，推演的正確與否，臨床實踐可以檢驗，所以中醫才能逐步壯大起來。

藥物亦可分為陰陽。人體疾病用藥物治療的目的，是以藥物的陰陽偏性來平衡人體的陰陽偏性，消除太過的，填補不及的，所以才能使人體達到陰陽平衡，實現其病若失的目的。

藥物的陰陽屬性，是以“氣”與“味”來解釋的。“氣”的概念屬於陽的範疇，表示氣的薄厚，熱的多少以及效能的變化強弱等，包括寒熱溫涼四種屬性。

陽中亦分陰陽，陰中陰為寒，陰中陽為涼，陽中陰為溫，陽中陽為熱。

“寒”性氣薄，“熱”性氣厚。

“味”是陰的範疇，表示陰性物質的一般屬性，包括酸鹹苦辛甘五種屬性，是外界物質作用於人體之後所變現出來的規律性變化，《內經》認為酸收、鹹軟、苦堅、辛散、甘緩。

人是以後天之脾胃，吸收天地陰陽物質之精華，從而補充人體所需要的陰性物質來代謝形體，陽性物質來保持恆定體溫。

陰性物質屬性是用五行來表示的，以五行的相生、相剋原理來表示物性的相關變化規律，從而使人體保持代謝的平衡。其中酸為木，鹹為水，苦為火，辛為金，甘為土。

五行既可表示方位、也可表示屬性，也可表示變化規律。內經上稱之為“五運”，即金運、木運、水運、火運、土運。

在內經的六元框架體系中，以陰陽的變化規律以及所在的位置，衡量周天陰陽的變化，框定出了一般性的自然陰陽變化規律，即一之氣厥陰風木，二之氣少陰君火，三之氣少陽相火，四之氣太陰溼土，五之氣陽明燥金，六之氣太陽寒水。這些分類是與大自然的變化相關的，是以陰陽來表示的自然的變化規律，與每一年的時節以及每一天的時刻相互對應，具有普遍自然科學上的意義，內經中稱之為“六氣”。

其中風表示厥陰，是自然界的一種全陰性靜止物質，五行屬木。寒盛則浮，寒能地堅，寒表示自然界一種收引性質的物質存在，表示太陽，五行屬水。溼表示太陰，自然界中的溼性物質，五行為土，是一種寒溼。暑也是一種溼，表示溼熱，五行也屬土。燥是自然中的一種陽性收引物質，表示陽明，五行屬金。火表示自然中的一種陽性物質，一種表示少陰，是初生的火種，五行屬火。另一種表示少陽，是彰顯之火，五行也屬火。

現代的風寒暑溼燥火，稱為六邪。六邪來自六氣，是自然界中存在的六種性質不同的物質形式。大自然由六氣組成，人體亦有六氣。六邪是引起人體產生疾病的屬性種類。幾乎所有的病症，都是這幾種性質的物質所引起的，有內外之分。

中藥之“氣”，只表示藥物組成中，那種陽性物質的成份。而六邪之陰陽，是一種集合體，是陰陽的複合變形，框定在六元框架之中的陰陽的多少所產生的物質種類的性質總稱，與藥物之“氣”是完全不同的概念。