黃巾軍短時間內潰敗的主要原因如下：

一、黃巾軍面對的敵人強大。起義爆發後，鎮壓黃巾軍不僅有龐大的東漢正規軍，而且還有各地豪強地主的大小武裝，面對地主階級的鎮壓，寡不敵眾。

二、由於起義計劃被叛徒出賣，使起義不得不倉促發動，各地起義軍之間的相互配合困難大增。起義軍缺乏配合，即不能形成統一指揮，不能一盤棋作戰，這就使得東漢軍隊可以對起義軍進行各個擊破，直至全勝。

三、農民起義的歷史侷限性。黃巾軍缺乏有戰略思想的領袖人物和軍事骨幹，起義計劃的制定極不完善，起義後張角、張梁、張寶、波才、張曼成、趙弘、韓忠等，個個都是隻知固守一城一池，或久圍堅城，與東漢軍拼消耗，不懂得運用靈活的戰術戰法，直至失敗。

四、東漢派來鎮壓黃巾起義的將領，如皇甫嵩、朱儁、曹操等都是一些能征善戰的悍將，他們的統兵作戰的能力，軍事指揮的才能、戰術計謀的運用，都高於黃巾軍首領，因而往往能夠以少勝多，以弱勝強，最終擊敗黃巾軍。

五、黃巾軍士兵的作戰能力、作戰經驗、作戰心裡都遠不如東漢的正規軍，在戰場上的戰鬥力懸殊大，弱強對抗，弱者速敗。

六、武器裝備上東漢軍處於絕對優勢地位，黃巾軍武器裝備與東漢軍隊比，相差太大，處於明顯的劣勢。

以上幾方面原因的疊加，就造成了黃巾起義軍在短時間內的迅速潰敗。這也是歷史上很多農民起義軍失敗的一些共性問題。

農民起義，只是因為區域性的人多，才能在一些地方快速的反抗，但是當局只要組織起一支軍隊的話，農民軍是不行的。後勤、戰略戰術、士兵訓練、武器裝備這些都不是一個檔次的。

黃巾軍是東漢末年的農民起義軍，以張寶，張梁，張角為首，張角自封天公將軍、張寶自稱地公將軍、張梁自稱人公將軍，口號:蒼天已死，黃天當立，歲在甲子，天下大吉！他們頭裹黃巾為大軍標誌，所以人稱黃巾軍。

既然是起義軍那肯定都是為吃飽飯的老百姓，一幫拿些武器的烏合之眾，再說漢靈帝讓各地自己組織軍隊招募新兵，就是為了抵抗黃巾軍，因為中央已經拿不出兵了，再說，農民終究歸農民永遠不可能打過正規軍，在地方軍，中央軍，西涼兵殘酷鎮壓下，黃巾軍被包圍黃巾軍奮力突圍，可惜張角病死了，張梁，張寶相繼去世，黃巾軍被東漢政府軍鎮壓下去，起義失敗。

農民起義本來就很難成功，成功的例子也比較少。

黃巾大起義，經過了十幾年的秘密準備，但起義後僅歷經9個月的時間，主力就遭到徹底失敗，究其原因：

其一，黃巾軍面對的敵人強大。起義爆發後，鎮壓黃巾軍不僅有龐大的東漢官軍，而且還有各地豪強的大小武裝，他們面對的是整個地主階級的瘋狂鎮壓，最終寡不敵眾，終於失敗。而黃巾軍實質上是一群流民，全靠人數優勢，質量和官兵沒有可比性。

其二，由於起義計劃被叛徒出賣，使起義不得不倉促發動，各地起義軍之間的相互配合發生了極大的困難。尤其是洛陽起義流產，使東漢政府解除了後顧之憂，得以全力鎮壓外圍起義軍。

其三，黃巾軍缺乏有戰略頭腦的軍事領袖人物，其起義計劃的制定極不完備，起義後各地起義軍沒有迅速地集結起來，而是分散在各地孤立行動，甚至不進行相互支援配合，終於被官軍各個擊破。同時起義軍首領缺乏軍事指揮才能，張角、張梁、張寶、波才、張曼成、趙弘、韓忠等，個個都沒有什麼軍事才能，其實很好理解，畢竟都是底層出身，又沒有從軍經歷。

其四，東漢派來鎮壓黃巾起義的將領，如皇甫嵩、朱儁、盧植等都是一些能征善戰的悍將，他們的統兵作戰的能力，軍事指揮的才能、戰術計謀的運用，都高於黃巾軍首領，因而往往能夠以少勝多。