在電視劇《康熙王朝》中，準噶爾首領噶爾丹想必都給大家留下了深刻的印象。歷史上，噶爾丹確有其人，在他任首領時期，蒙古準噶爾部逐漸強大起來，成為大漠上最勇猛的部落，征服了草原上的多許多部落。噶爾丹先是擊敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗，後又吞併葉爾羌汗國，1678年，噶爾丹建立汗國，自封汗王，稱準噶爾汗。

準噶爾部原本是漠西蒙古的一個部落，部落首領是臺吉，相當於輔國公的地位。漠西蒙古主要由四個部落組成，和碩特部、準噶爾部、杜爾伯特部和輝特部，這四個部落組成聯盟制，盟主長期由和碩特部首領擔任，稱為衛拉特盟主。1675年，準噶爾臺吉噶爾丹打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗，統一了漠西蒙古。成為盟主的噶爾丹並未感到滿足，1678年，噶爾丹又出兵吞併了南疆的葉爾羌汗國，也正是在這一年，噶爾丹獲得了五世達賴喇嘛所贈予的 “噶爾丹博碩克圖汗” 封號，正式建立汗國。噶爾丹建國稱汗後，繼續大肆用兵，迫使哈薩克汗國臣服，又出兵漠南、漠北，攻打喀爾喀蒙古，喀爾喀被迫南遷。噶爾丹乘機佔領大片領土，將兵鋒延伸到今內蒙古赤峰附近的烏蘭布通，極盛時準噶爾汗國的國土面積曾達到700萬平方公里。

被噶爾丹驅趕南遷的喀爾喀蒙古轉而向清朝皇帝求援，康熙二十九年（1690年），康熙皇帝御駕親征，組織兩路大軍在烏蘭布通大敗準噶爾，噶爾丹北逃至科布多地區（今蒙古國境內），拒不臣服的同時還時常騷擾邊境。康熙帝分別於康熙三十五年（1696）和三十六年（1697年）派出10萬大軍親征漠北，分三路進行清剿，眾叛親離的噶爾丹最終自盡而亡。噶爾丹死後，侄子策妄阿拉布坦繼任為準噶爾臺吉，準噶爾逐漸強大起來，康熙五十五年（1716年），阿拉布坦出兵西藏，攻佔拉薩。康熙帝派兵出征，結果卻全軍覆沒。第二次出兵才打敗準噶爾軍。之後清朝與準噶爾之間保持穩定態勢，直到乾隆二十四年（1759年），清軍抵達喀什噶爾（今新疆喀什），平定了支援準喀爾首領阿睦爾撒納的的大和卓波羅尼都和小和卓霍集佔兄弟發動的叛亂。至此，天山南路完全平定，清朝完全控制今日的新疆地區，準喀爾汗國從此不復存在。

左宗棠收復新疆之戰跟康雍乾殲滅準噶爾汗國有著本質區別，左宗棠的對手是號稱“中亞屠夫”的阿古柏，戰役性質是收復失地，而不是徹底剷除。這使得左宗棠於1876年出兵到1878年成功收復了被阿古柏佔據的新疆領土，歷時兩年。左宗棠也因此被稱為民族英雄。康雍乾三朝對西北用兵嚴格意義上來說是開疆拓土，把新疆地區完全收歸中央政府管轄，這與左宗棠抗擊侵略，收復失地是完全不同的性質。而縱橫中亞一個世紀之久的準噶爾汗國實力當然要“跳樑小醜”阿古柏要強大了不知多少倍。

這兩個事件的發生地部分與新疆重合。但兩者沒有可比性。第一次起事的是蒙古人，第二次起事的是外華人（烏茲別克）阿古柏，他是侵佔新疆。另外，兩次戰爭從經濟上看，打法也不一樣。

準噶爾汗國的事情中文文獻有一些記載。不過更詳細的記載是美華人濮培德寫的。濮培德，英文名Peter C. Perdue，1949年生，美國著名歷史學家，漢學家，現任耶魯大學歷史系教授。寫準噶爾汗國的專著叫《徵西》China Marches West: The Qing Conquest of Central Eurasia，獲得2006年的李文森獎。

首先，準噶爾難打，是因為準噶爾汗國是蒙古人。明朝趕走元朝之後，元朝勢力並沒有完全減弱。土木堡之變（1449年）蒙古人活捉了明英宗。如果不是于謙的力挽狂瀾，明朝就此被滅了都有可能。庚戌（1550年）之變，俺答圍困北京。可見蒙古部落的戰鬥力。

進入清朝，清朝皇帝雖然馴服了東部蒙古部落，但西部蒙古仍然不服。準噶爾汗國勢力非常強大，甚至壟斷絲綢之路的茶葉貿易，找沙皇要世界上最先進的膛線的火槍。他們有錢有人有武器，清代當然要花精力去打這場戰役。

清末的阿古柏本來是國際流亡投機分子。本身根基不穩，也不得人心。左宗棠為了打這場戰役，找朝廷要錢（每年共需經費八百餘萬兩白銀），聯合胡雪巖，胡雪巖為了支援左宗棠，從國際銀行（渣打）融資。後來四次出面向匯豐銀行等英國財團借得總計白銀1595萬兩。

打準噶爾是國家打準國家，打阿古柏是以國際力量打區域力量，可見兩者完全是不同的戰役。