原因有2個：

1、壬寅宮變幸得未死，他被嚇得失魂落魄，躲在西苑，所帶的嬪妃已經少了很多了。

2、設醮煉丹，迷信幾個道士的邪說，養生修道，二十餘年不敢回大內，

嘉靖皇帝遷居西苑的原因主要是宮變受驚和沉迷修道。

嘉靖帝即位之初，革除武宗弊政，誅佞臣江彬、錢寧等，朝政為之一新。可惜這種喜人的形勢不過是曇花一現，久而久之，朱厚熜的性格缺陷就暴露出來了。他剛愎自用、喜怒無常、武斷專橫、堵塞言路，致使政治腐敗、國勢衰頹。特別是在“壬寅宮變”以後，嘉靖皇帝乾脆住進西苑，不理朝政了。

壬寅宮變，即嘉靖二十一年（當年為壬寅年）十月二十一日凌晨，宮女楊金英等十餘人，趁嘉靖正在熟睡，企圖用繩子把他勒死，誰知在慌亂之中，宮女誤把繩結打成死結，無法勒緊。這時皇后聞訊帶人趕來，救下了嘉靖皇帝，逮捕了宮女。後來，楊金英等十六名宮女被凌遲處死，涉及此案的端妃曹氏和寧嬪王氏，也被凌遲。

楊金英等為何要縊死皇帝，史書諱莫如深。但從當時審問楊金英口供中有“咱們下了手罷，強如死在他手裡”這一句來看，宮女是被迫鋌而走險、拼死一搏的。這大概因為嘉靖殘暴成性，動輒鞭撻宮女，被撻死的宮女有百多人，也和嘉靖皇帝摧殘少女，服用丹藥有關。

嘉靖聽通道士，認為服用“先天丹鉛”可以延年益壽。所謂“先天丹鉛”，就是用小女孩月經初潮時的血煉製丹藥。據記載：嘉靖三十一年，選八至十四歲女童三百人入宮，嘉靖三十四年，又選十歲以下女童一百六十人。還有記載說，有四次共選女童一千零八十人。這些幼女被選入宮都是為煉丹而用的。

當時有名的文人王世貞有一道宮詞：

兩角鴉青雙結紅，靈犀一點未曾通。自緣身作延年藥，憔悴春風雨露中。

當時每年都要有幾個宮女死亡，大多又是死後追封為妃嬪，這些異常情況，雖然史書沒有記載，據推測是和嘉靖皇帝服用丹藥有關。

嘉靖皇帝經過“壬寅宮變”的驚嚇，常常感到宮內在鬧鬼，因此不敢在紫禁城內乾清宮居住，就搬到了西苑永壽宮，即燕王府、西宮的舊址，在今中南海西部一帶。他以為西苑是成祖的龍興之地，有祥兆。從此，他二十多年不理朝政，不見大臣，專心奉玄修道，日求長生不老。

道士陶仲文被封為禮部尚書，他在西苑頻繁地設壇齋醮，裝扮神仙，要求大臣的衣冠也要表現出對道教的崇信。許多阿諛奉承之臣，競相獻“青詞”（獻給上天的奏章祝文），以求榮升，嚴嵩就是因此得以獨攬朝政的。

修道當然要清心寡慾，可是嘉靖皇帝做不到這一點。他的妃嬪僅載入史冊有稱號的就有六十多個，是明朝皇帝中最多的一個。

晚年有一次他在永壽宮誦經擊磬，可能心不在焉，沒有擊中部位，誤槌他處。許多宮女低頭不敢笑，只有一個十三歲的尚美人失聲大笑，皇帝注視著她，眼神中冷冷的射出一句：要你好看，大家都為她性命擔心，誰知看了一會後，皇帝的眼中又飄出一句：好看，要你。從此受到了皇帝的寵愛。

那時嘉靖已經五十多歲了，一次他與尚美人在永壽宮的貂帳中玩火，結果就尿炕了。當然不是，結果引發了一場大火，把永壽宮焚燒殆盡。以後又重修了永壽宮，尚美人也被冊封為壽妃。

這位荒淫的皇帝在永壽宮裡養了一隻獅子貓，寵愛有加，死後傷感不已，命制金棺，埋葬在萬歲山（景山）下。還命令內閣大學士撰文超度，這個題目真難壞了大學士。只有侍讀學士袁煒的獻文中有“化獅成龍”一語，使皇帝非常滿意，袁煒就憑著一些阿諛諂媚的詞章被提升為禮部尚書，直到武英殿大學士，位極一品。

看到嘉靖皇帝如此的胡作非為，當時的戶部主事、以剛直著稱的海瑞上書皇帝，直指齋醮服丹藥等荒謬之事，結果可想而知，當然是：要你好看，被罷官下獄。但這個嘉靖皇帝終因服用丹藥過度，“體虛火躁，補救無術”，於嘉靖四十五年十二月病危，從西苑搬回乾清宮，當天便一命嗚呼、吹燈拔蠟了，終年六十歲。

嘉靖皇帝在位時還大興土木，揮霍浪費，致使國勢衰敗，民不聊生，民間把“嘉靖”稱為“家盡”，可見民怨之深。同樣在西苑，從嘉靖十年至嘉靖四十五年的三十餘年間，也是修建不斷，宮殿名號已多不勝書。

從記載上看，主要有：嘉靖十年在西苑建帝社帝稷之壇，內有無逸殿、豳風亭。嘉靖死後，以此壇與古制不符，故廢除。但無逸殿和豳風亭卻保留下來。嘉靖十年在西苑建親蠶殿，設蠶壇，依古制使皇后於內苑行親蠶之禮。後來壇廢，但蠶池口的地名仍沿續保留到清末民初。嘉靖十五年，建金海神祠於西苑；二十二年建雷霆洪應殿，供修道用；二十二年建雩殿，中有太素殿，祀祖宗列聖之用；四十三年建惠熙、承華等殿，

他住的永壽宮被大火焚燬後，僅三個月就重新建成，並改名為萬壽宮及壽源宮。這些宮殿，工程浩繁，耗費極大，維修亦非易事。嘉靖死後未及一月，各宮殿匾額均被撤去，後來逐漸拆房取木，幾年後，西苑宮殿大多隻剩下殘垣斷壁而已。嘉靖皇帝在西苑留下的只是一頁頁荒淫殘暴的歷史。